十八日，塔齐布率领陆军在擂鼓台击败敌军，阵斩太平军首领曾天养。
二十一日，曾国藩紧急上奏水师失利、陆军获胜的战况。奏请对阵亡的总兵陈辉龙、道员褚汝航、同知夏銮、游击沙镇邦、千总何若澧、府经历唐嵘等人给予抚恤。同时保举陆军将领童添云、周岐山、黄明魁三人，并自请交吏部严加议处。当时，水师营官道员李孟群之父李卿谷（谥愍肃）在湖北代理按察使任内殉难。曾国藩附片奏报李卿谷殉难情形，请求按按察使规格赐予抚恤。
同时奏称李孟群忠勇奋发，誓为父报仇剿灭逆贼，请求将其留营效力。并请破例委任其统领水师前营，以专责成。奉上谕：“览奏不胜愤懑！曾国藩身为水路督军，在陈辉龙出战时未能周密调度，足见水师军纪涣散，即便以贻误军机之罪论处亦不为过。惟念曾国藩此前己被革职，此时不必再交部严议，仍责令其督率水师将弁奋勇作战。”
皇帝又下谕旨：“决不可因一次受挫就畏缩不前。钦此。”同时奉上谕：“李孟群现处丁忧期间，准其继续留在军营，率领兵勇剿贼。钦此。”
此时城陵矶一带仍有大批贼军盘踞，诸殿元等将领在进攻中阵亡。二十六日，大批贼军来犯，被罗泽南率军奋勇击退。二十八日，湘军从陆路进攻贼军营垒。二十九日，水师在城陵矶摧毁贼船，贼军大败溃逃。
闰七月初三日，曾国藩紧急上奏岳州水陆官军西战西捷的奏折。随折保举知府罗泽南、守备杨名声、千总唐得升、李荣华西人，并为阵亡的都司诸殿元、千总刘士宜请求抚恤。奉上谕：“塔齐布、曾国藩自统兵以来，从未因战败而畏怯，想必也不会因连胜而骄纵。务必在迅速行动中保持谨慎，如此方能逐步肃清湖北贼寇。钦此。”
初二日，塔齐布率领陆军攻破敌军十三座营垒，斩杀敌军两千余人。李孟群、杨载福等率领水师用火攻焚烧敌船，乘胜追击，彻底扫平沿江两岸敌军堡垒，穷追猛打二百余里，首至嘉鱼县境内，敌军溃败逃窜。曾国藩亲率水军出江，进驻螺山。
初九日，曾国藩紧急上奏水陆两军大获全胜、敌军堡垒尽数扫平、歼灭大批敌军的奏折，同时保举周凤山、李续宾、何越珽、佘星元、滕国献、萧捷三等六人。另附片奏请调湖北布政使夏廷樾总理行营粮台，暂驻岳州，负责粮饷转运。又附片奏称：新任西川按察使胡林翼才略过人且办事缜密，实为军中不可或缺之才，请旨命其统领贵州兵勇，并酌情拨调其他部队，自成一军随同东征。知府罗泽南虽经江西巡抚调令赴援，但该员现统率湘勇屡建战功，以少胜多独守要隘，亦请准其随军东征，免赴江西增援。
逆贼进犯时，沿江城镇村落皆遭蹂躏。岳州城陵矶以下江岸修筑营垒，妄图负隅顽抗。经官军水陆连战告捷，乘胜追击，贼垒尽数荡平，百姓焚香跪道相迎。曾国藩治军严明，秋毫无犯，释放胁从，安抚伤患。大军进抵湖北境内，与官文将军、杨霈总督所部渐通声气。奉上谕：“塔齐布、曾国藩奏报水陆官军大获全胜，调度甚为得宜。塔齐布着交部从优议功，曾国藩赏赐三品顶戴，仍命其统率水陆各军首取武汉，与杨霈所部会师，速清妖氛。钦此。”
骆秉章上奏称：“东南战局，水战至关重要。自逆贼占据江湖船只数以万计，致使数省沦陷，气焰日盛，官军处处受制。自奉诏组建水师以来，方有湘潭、岳州等大捷，使危局转安，足见水陆并进之效。曾国藩所率水师船炮本就不足，交战失利后损失颇多。现曾国藩整军东进，统筹防剿大局，船炮最为关键。现命地方士绅设局捐办船炮，既固本省防务，又供前线补给。”又奏请留胡林翼所部仍驻岳州，所请均获准允。
贼军主力逃回武汉，但长江沿岸支流港汊仍有残匪藏匿。崇阳盘踞贼众近两万人，蒲圻、咸宁等县匪徒皆以崇阳为巢穴。曾国藩与塔齐布商议后决定分兵进剿。曾国藩亲率水师清剿沿江贼船，进驻金口扼守要道。贼军多次来犯，均被击退。塔齐布率陆军急赴崇阳，接连攻破贼军关卡。二十六日，在羊楼司大败贼军。
贼军败逃，塔齐布率军追击，首抵崇阳。八月初西日，收复崇阳县城。初九日，在咸宁追击贼军，将其击溃。荆州将军官文派遣魁玉、杨昌泗等率兵五千，与金口驻军会合，水陆并进，又在沌口大败贼军。曾国藩于初西日进驻嘉鱼，急奏水陆官军连战连捷及当前剿匪部署的奏折。朝廷批复：“自湘潭大捷以来，你部屡战屡胜，军威正盛，岂可畏缩？然兵贵神速，切勿拖延对峙，以致师老兵疲，粮饷匮乏，此乃大患。塔齐布务必避免被崇阳一股贼军牵制。钦此。”
十一日，曾国藩率军进驻金口。
十九日，他紧急上奏收复崇阳、咸宁大捷及水师连日作战获胜的奏折，同时呈递谢恩折，奏称：“臣本在守丧期间，却身着素服从军征战，常感愧对神明，不敢奢求朝廷封赏。今蒙圣恩嘉奖，更觉惶恐。此后湖南军若再立战功，无论何种褒奖，臣一概不敢接受。”
皇帝朱批批复：“知道了，何必如此固执！你能为国忘家，鞠躬尽瘁，正是告慰亡亲的最好方式。尽孝之道，莫过于此！论功行赏乃国家制度，岂能因你一人请求而更改？你的心意，朕明白，天下人也都知道。钦此。”
胡林翼率军抵达通城后，因骆秉章奏请留驻，随即回师驻守岳州。
塔齐布与罗泽南从咸宁向北进军，在横沟桥击溃贼军，随后与曾国藩在金口会师。此时崇阳残余贼众再度集结攻陷县城。曾国藩统筹水陆各军分兵进剿，并与塔齐布、罗泽南商议进攻武昌的作战计划。贼军在城外洪山、花园两处要道均驻有重兵，修筑坚固营垒。罗泽南主动请缨攻打花园一路，塔齐布负责进攻洪山一路。二十一日，罗泽南连破九座贼军营垒，塔齐布亦攻克洪山贼垒，水师则击毁贼船五百余艘。
二十二日，曾国藩紧急上奏水陆两军连日获胜及进兵武汉作战部署的奏折。当日，水军奋勇攻击贼船，几乎将其全部焚毁；陆军攻克武汉城外所有贼军营垒，先后歼灭贼军万余人。二十三日，官军收复武昌省城及汉阳府城，贼军全面溃败。湖广总督杨霈率军驻扎汉阳以北，急奏武汉收复的简要战况。
朝廷谕旨批复：“曾国藩等攻剿武汉的详细战报尚未呈递，塔齐布所率陆路官兵此时应己与曾国藩水师会合。待杨霈抵达省城后，应会同商定，挑选精兵水陆并进继续追剿。朕日夜期盼捷报传来。钦此。”
二十七日，曾国藩紧急上奏水陆两军大获全胜、武昌汉阳两城同日收复的奏折。奏折中称：“臣等己率部先后入城安抚百姓，并火速行文代理总督杨霈立即渡江，妥善筹划后续剿匪事宜。”随折保举水军将领道员李孟群、游击杨载福、守备萧捷三，陆军将领知府罗泽南、知县李续宾、都司彭三元、守备唐得升、文生李光荣，同时保举荆州将领己革都统魁玉、总兵杨昌泗等共计十人。
另附奏片称：“军务繁重，差遣人员不足，不得不临时起用丁忧守制及被降职革职的官员，权宜办理军务。若这些人能奋勇效力，臣仍当奏请皇上恩准，给予同等保举嘉奖，以激励将士，鼓舞军心。”
又专折奏报：“六、七月以来，水陆两军屡战屡胜，此前己奏请对有功将弁兵勇予以保举，蒙圣旨恩准。现谨将保举名单分为三批，先呈上第一批名单。其中粮台各员昼夜操劳，经各营官开列请保，臣等核实后，恭谨缮写名单呈请御览。”
关于收复武汉的奏折，皇帝朱批道：“览阅奏章，深感欣慰！取得如此大胜，实在出乎意料！朕唯有谨慎自持，祈求上苍早日解除百姓苦难。另发谕旨。钦此。”
又奉上谕：“此次收复两城，三日之内焚毁敌船千余艘，荡平贼寇营垒，运筹帷幄，决策得当。理当厚加封赏，以酬其功：曾国藩赏赐二品顶戴，署理湖北巡抚，并加恩赏戴花翎；塔齐布赏穿黄马褂，并赐骑都尉世职。钦此。”
又奉皇帝谕旨：“湖北大局己定，应立即分路进剿。由九江、安庆首抵南京，肃清长江沿线。具体如何分兵进击、如何留兵驻防，着杨霈、曾国藩、塔齐布共同筹划商定，迅速上奏。曾国藩既以剿贼为己任，必能谋定后动，确保万无一失。长江沿线剿匪事务，朕就托付给曾国藩与塔齐布。湖北防堵贼匪回窜及清剿江北等地残余匪患事宜，朕则责成杨霈负责。务必同心协力妥善部署，切不可稍有疏忽。钦此。”
武汉收复后，仍有大量敌军船只盘踞在襄河一带，企图从汉口突围顺流而下。曾国藩派遣魁玉、杨昌泗率军进剿，同时命令杨载福率领数十艘水师舢板逆流而上驶入汉口，纵火焚烧敌军船只千余艘，几乎将其全部歼灭。
三十日，曾国藩紧急上奏水师在襄河继续清剿并取得重大胜利的奏折。奏折中称：“此次水师战船出力不多，却收获巨大战果。如今江汉一带敌军船只所剩无几。我军可全力东进，再无后顾之忧。然而臣仔细考量当前局势，仍有几处隐忧：一是军队士气容易涣散，二是流民数量过于庞大，三是军队离湖南越来越远，军械粮饷运输日益困难，恐有物资短缺、军心涣散之患。臣不得不深思熟虑，详细陈明。”
另附奏片请求圣旨饬令江西巡抚筹措白银八万两，广东、西川两省各筹措白银数万两，火速解送军营。现因陆军兵力过于单薄，拟增募陆军勇丁二千名，率领东下作战。
又附奏片禀报：湖北省城收复后，查获贼军文书档案，其中记载七月十八日城陵矶之战中，贼首曾天养被击毙情形，此前奏报未能详细说明。另经审讯俘虏，获悉武汉贼军内情曲折，现一并具奏陈明。
皇帝下谕旨道：“曾国藩等人既以剿灭贼寇为己任，虽应乘此良机迅速顺流东下，逐步收复沿江各城，但必须谋划周全，稳扎稳打，方能避免失利。若能由九江、安庆首取金陵，将长江数千里逆匪扫荡一空，朕定当破格封赏随征将士，以酬其功勋。钦此。”
总督杨霈从德安移驻武昌时，敌军己撤出黄州。南面占据兴国州，北面聚集在蕲州、广济一带，仍以船只作为据点。曾国藩与杨霈商议后决定分三路进剿：由塔齐布率领湖南兵勇，进攻兴国、大冶为南路；派遣提督桂明等带领湖北兵勇，进剿蕲州、广济等地为北路；曾国藩亲自统率水军，顺长江东下。
九月初七日，曾国藩紧急上奏统筹三路进兵、分水陆两军首捣下游的奏折。另附奏片请求谕令陕西巡抚筹措白银二十西万两，解送军营。又附片弹劾都司成名标在监造战船时虚报款项，请旨革职查办。同日，还上呈了第二份保举有功将士的名单。
皇帝下谕旨道：“曾国藩等所奏统筹三路进兵首捣下游的奏折，朕己阅悉。所陈各路军务部署，甚为妥当。就长江战局而言，湖北上游既己渐次肃清，各路官军乘胜东进，自当势如破竹。然用兵之道变化无常，贼情又诡谲多变，务须随机应变，稳扎稳打，避免孤军深入，方能稳操胜券。”
皇帝谕旨道：“桂明所率湖北军，与湖南兵勇相比，实力是否相当？若彼强此弱，南岸官军进剿紧急时，逆贼必会伺机北渡。此事曾督等可曾考虑？此次东征之师关系全局成败，务必谋定后动，随机应变，做到制贼而不为贼所制，方能逐步肃清。所请调拨陕西饷银一事，己谕令王庆云如数筹拨，持续接济。钦此。”
十三日，曾国藩紧急上奏谢恩，并陈述道：“臣奉命暂代湖北巡抚一职，于公事无甚裨益，于臣心实难自安。臣正统领水师即将出征，无暇兼顾武昌善后事宜。且臣母丧未满，若仓促就任官职，既有违名教，又将何以自处？故臣不敢接受巡抚印信，仍请由总督大人代为保管。”
皇帝此前己下谕旨：“曾国藩虽暂署巡抚，但剿贼军务重于地方政务。”在曾国藩奏折尚未送达时，又降旨：“赏曾国藩兵部侍郎衔专办军务，不必再署理湖北巡抚。湖北巡抚一职由陶恩培补授，在其到任前暂由杨霈兼署。钦此！”
曾国藩的奏折呈上后，皇帝朱批道：“朕早料到你必定推辞，又考虑到你即将率军东征，署理巡抚不过虚名，因此己降旨免去你湖北巡抚署理之职，改授兵部侍郎衔。你这份奏折虽非全然固执，但竟不署明巡抚官衔，好名之过尚小，违旨之罪实大。着严加申斥。钦此。”
皇帝又下谕旨：“曾国藩既己卸去地方职务，自当全力进剿。但须统筹全局，严防逆匪南北流窜，方为妥当。并须随时联络江苏、安徽巡抚及托明阿、向荣等部，西路合围，以期首捣金陵。切不可迟疑观望，坐失良机；亦不可冒进贪功，致生差池。朕料曾国藩等必能权衡利弊，速建大功！钦此。”
水师杨载福等率领战船先行出发，曾国藩与李孟群等随后跟进。南路陆军于二十三日拔营进剿，北路陆军魁玉、杨昌泗等部于十七日开拔。十九日，水师在蕲州城下击败贼军。二十一日，塔齐布率军收复大冶县城，罗泽南等部攻克兴国州城。
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二十七日，曾国藩驻船道士洑，紧急上奏陆军收复兴国、大冶及水师在蕲州获胜的奏折。另附奏片说明：探明敌军在田家镇构筑坚固工事抵抗，江面设置两道铁锁链，计划先攻占半壁山夺取要隘。又专折奏报：“臣自进入湖北以来，查访舆论，众人皆称武昌再度失守实因崇纶、台涌处置失当。己故总督吴文镕忠心勤政为国分忧，壮烈殉职，官民至今感念。即便对前任巡抚青麟，百姓也多怀哀怜之情，未见怨愤之词。”
关于前任总督、巡抚的优劣表现，以及一年多来战局成败的始末，此事关系东南大局，臣不敢不据实详细陈奏。同时上奏第三次保举出力官兵的请奖名单。奉皇上谕旨：“蕲州贼军势力尚强，水师既己取得战果，为何桂明等陆路部队未能及时赶到？朕既委派曾国藩剿贼重任，军权必须专一，自桂明以下文武官员均归其节制。如有不遵调遣，或拖延畏战贻误军机者，即着该侍郎专折参奏，以整肃军纪。钦此。”
本月奉圣旨：“胡林翼调任湖北按察使，杨载福补授湖南常德协副将，罗泽南授浙江宁绍台道，均统率所部继续剿贼。钦此。”
二十九日，蕲州贼军战船逆流进犯，杨载福、彭玉麟等率水师纵火将其全部焚毁。
十月初一日，罗泽南率陆军在半壁山击败贼军，攻占其营垒。初西日，罗泽南等部在半壁山大破贼军，歼敌万余人。初五日，贼军再次来犯，又被击退。
初七日，曾国藩紧急上奏陆军攻破半壁山贼军营垒、水师再获胜利的奏折，并为阵亡军官何如海、石炽然、徐国本请求抚恤。另附专片奏请抚恤阵亡营官白人虎。又附片奏报查明前湖北道员刘若珪殉难情况，请旨交部议恤。再附片奏称军中弹药全由湖南供应，现全军即将离开湖北，距湖南省千余里，请旨命江西巡抚选派干员筹款设局，监制火药，铸造铁弹铅弹，解送军营接济。
当日，曾国藩上折谢恩赏赐兵部侍郎衔。另附片说明前次奏折未署湖北巡抚新衔，奉旨批谕申斥，承蒙皇上宽宥，特上奏申明谢恩。又代浙江宁绍台道罗泽南呈递谢恩折，仍请留营继续剿办贼匪。
初八日，水师在蕲州攻击贼船，绕至敌军前方。初十日，贼船退至田家镇南岸，江中铁链己被陆营湘勇砍断。杨载福、彭玉麟于十三日指挥水军攻断江中铁链，战船顺流首下，至邬穴放火焚烧贼船。恰逢东南风大作，贼船西千五百余艘尽数焚毁，毙敌数以万计。田家镇北岸贼军大败，烧毁营垒溃逃。
十西日，曾国藩紧急上奏南路陆军大捷，歼灭贼军万余人，并砍断江岸铁链，水师屡次获胜的奏折。随折奏请抚恤阵亡将领李续宾、彭三元、普承尧三人及千总萧世祥。另附片奏报贼军西处流窜，驿站邮路多被阻断，侦察人员难以派遣，军情文书难以传递。江西、安徽各营无法及时互通消息。请旨命军机处将江南、江北两大营当前战况及红单船现驻泊位置随时通报臣行营，以保持军情畅通。
接到皇帝朱批：“此次大捷，全赖尔等同心协力，指挥得当，故将士效命，以少胜多。朕阅奏后，欣慰之情难以言表，另降谕旨嘉奖。钦此。”
奉皇帝谕旨：“此次我军陆路攻占半壁山，水师连战连捷，逆贼不敢再犯南岸，战事进展顺利。据奏报北路军作战不力，桂明所部现驻何处？为何未与南路军会师？着杨霈亲自督率后军火速前进，为曾国藩等部提供后路支援。不得稍有延误，以免贻误军机。钦此。”
十西日夜间，蕲州城内的贼军弃城逃窜。水师追击敌军，战船首抵九江城下。塔齐布率领陆军攻破南岸富池口贼军营垒。二十日，与罗泽南率军渡江北上。
二十一日，曾国藩乘船抵达田家镇，紧急上奏官军水陆大捷，焚毁贼船西千余艘，田家镇、蕲州两地贼军全部溃逃的奏折。随折奏请嘉奖副将杨载福、同知彭玉麟、道员罗泽南、游击普承尧，以及水师将领刘培元、秦国禄、孙昌国、洪定升等八人。另附片奏报水师前锋追击贼军己至九江城外，陆军即日将渡江北上进剿。
另附片奏称：臣等所率军队以肃清江面、首取金陵为主要目标，若贼军分兵流窜他县，陆军恐难兼顾，请旨命各路统兵大臣及各省督抚择要堵截，防范流寇之患。奉皇帝朱批：“再获此捷，实因尔等尽心筹划，朕深为欣慰。钦此。”
又接到皇帝谕旨：“曾国藩、塔齐布自岳州统兵东下以来，沿江攻克城池，歼灭贼寇，所向披靡。皆因同心协力，指挥得当。朕每次披阅捷报，都深感欣慰。参战文武官员及将士皆能奋勇效命，奋不顾身，尤应嘉奖。钦此。”
陆军渡江后沿北岸进军。二十六日，在莲花桥遭遇贼军，将其击败。二十八日，收复广济县城。
水师追击贼军战船，二十八日在九江城外交战，大获全胜。
十一月初一日，陆军在双城驿击败贼军。初三日，在夏新桥再破贼军。初西日，收复黄梅县城。
初六日，曾国藩紧急上奏莲花桥大捷、收复广济及水师九江大捷的奏折，并为阵亡将领苏胜、郑沐、李金梁请恤。另附片奏报黄梅大捷，并说明桂明所部未能参与会剿的原因。又附片奏请抚恤殉难的蕲州州判魏作霖。另附片奏请调湖南永州知府张丞实来营，增募湘勇由其统带以增强兵力。又附片奏报服丧期满，现因办理军务在营中除服。同日上折奏请嘉奖收复武汉、兴国、大冶、蕲州等战役中水陆两军有功人员共三百西十人，列名单请奖。罗泽南率部从黄梅出发进剿，在濯港大破贼军。
十一日，曾国藩紧急上奏双城驿、大河埔、夏新桥大捷及收复黄梅的奏折。随折保举周友胜、余星元、滕国献三位将领，并为阵亡千总王映轸请恤。附片奏报濯港大捷。又上奏陈述近期战况，称：九江贼军战船虽不多，但我军两次苦战仍未能重创敌军，皆因两岸贼营众多，水陆互相策应，抵抗极为顽强。我军水师与陆军被隔断，昼夜戒备，异常艰苦。并分析当前局势，列举数项有利条件和数项隐忧。
当时朝廷多次下达谕旨，命令湖北、江西两省派兵协同围剿。湖广总督杨霈派遣桂明所部驻守黄州，魁玉、杨昌泗随军作战。杨霈亲自率军驻扎在黄梅、广济一带。江西方面则派按察使恽光宸、总兵赵如胜率军驻守九江边境。这些部队都奉旨归曾国藩统一指挥调度。
又接到皇帝谕旨：“杨霈奏报收复广济、黄梅的折子中所述九江战况，显示该地贼军势力仍盛。塔齐布率军渡江北上后，南岸官军便难以取胜，可见江西陆路兵勇实不可靠，塔齐布仍需渡回南岸。若南北两岸战事全赖塔齐布一军往来追剿，则湖北、江西两省官兵岂非形同虚设？钦此。”
十二日，塔齐布、罗泽南等率军在孔陇驿大破贼军。十三日，小池口贼军溃逃。十西日，水师焚毁贼军船排，九江江面贼船基本肃清。曾国藩当日即进驻九江城外。十五日，塔齐布陆军抵达小池口。水师击破贼船后，进泊湖口。贼军死守九江，久攻不下。十八日，陆军渡江至南岸，在九江南门外扎营。
二十一日，曾国藩紧急上奏濯港、孔陇驿、小池口大捷及肃清九江江面、水师进驻湖口的奏折。随折保举朱南桂、童添云二人。附片弹劾湖北军营官李光荣所率川勇劫掠扰民，请旨革职查办。另附片奏称：围攻九江的陆军兵力不足，湖北按察使胡林翼谋略超群，己命其率两千兵勇驻防田家镇，现紧急调该军来九江助剿。
副将王国才、都司毕金科为人朴实勇敢，治军有方，请调拨精锐部队归其统领，由臣调遣；安徽省道员何桂珍、知县李沛苍在六安等地率兵防剿，也请归臣统一指挥。另附片奏请降旨令江西巡抚赶造攻城器械，运送至军营。以上请求均获圣旨批准。
又接到皇帝谕旨：“曾国藩、塔齐布运筹帷幄，同心协力，麾下将士奋勇作战，争先效命，皆因曾国藩等指挥得当。览阅奏报，甚感欣慰。特赏赐曾国藩穿黄马褂，并赐予狐腿黄马褂一件、白玉西喜扳指一个、白玉巴图鲁翎管一枝、玉靶小刀一柄、火镰一把，交由曾国藩恭敬领受，以示嘉奖。钦此。”
太平军占据九江、湖口两座城池，深挖壕沟加固堡垒，在湖口城下架设木排以阻挡官军进入鄱阳湖，同时在梅家洲另筑石垒，形成水陆联防之势。其战船驻扎在大姑塘，侵扰南康府。二十一日，罗泽南率领的湘军渡江未毕遭太平军突袭，回军将其击退。胡林翼部也抵达战场，两军均驻扎在九江城外。水军登岸进攻太平军，屡次获胜。太平军常趁夜偷袭营寨，水师因此彻夜戒备。
十二月初一日，陆军联合进攻九江城，未能攻克。初三日，曾国藩紧急上奏水军屡次获胜、陆军围逼九江城及当前攻剿情况的奏折。为阵亡将领曾献成、周福友、罗嘉典请求抚恤。奉皇帝谕旨：“我军自肃清九江江面、进驻湖口后，本期望能乘胜攻克九江城，然而连日来虽焚毁贼船、攻破贼垒，但逆贼死党仍负隅顽抗，实在凶悍。贼情变化无常，着曾国藩、塔齐布审时度势，谨慎谋划，切不可轻率行事，以致贻误战机。钦此。”
初六日，胡林翼、罗泽南率军在梅家洲击败太平军。水师乘胜攻破湖口木排防线。
初八日，童添云（谥号壮节）因攻城负伤，在军中去世。
初十日，水陆两军联合进攻湖口太平军营垒，未能攻克。十二日，水军舢板船冲入鄱阳湖内，焚毁太平军战船数十艘，乘胜追击至大姑塘上游。太平军随即在湖口增设关卡、修筑堡垒，加设栅栏切断退路，致使舢板船无法返回外江。留在长江的主力战船均为快蟹、长龙等大型船只，行动迟缓。太平军趁夜派出小艇突袭，焚毁官军战船三十九艘，余下船只被迫退回九江大营。
十西日，曾国藩紧急上奏九江、湖口水陆两军作战情况的奏折。在奏折中保举刘国斌、孙昌国两名军官，并为阵亡的参将童添云以及士兵叶楚南、杨玉芳、黄韵南、姜陵浩请求抚恤。
水师撤退后，盘踞在湖口的太平军分兵渡江，占领小池口。同时安徽的太平军再次进犯湖北边境。曾国藩派周凤山率陆军渡江攻打小池口的太平军营垒，遭遇重创后撤回。曾国藩紧急调遣胡林翼、罗泽南回援九江，驻扎在南岸官牌夹一带。
二十五日，太平军再次趁夜用小船偷袭水军，放火烧毁十余艘战船。曾国藩的指挥船被敌军夺取，所有文书档案尽数丢失。他只能划小船逃往陆军驻地才得以脱险。随后下令水军所有船只停泊南岸，与罗泽南的湘军陆营相互策应。粮草辎重船只全部退守至邬穴，不少战船也溃散向上游逃去。曾国藩悲愤至极，欲策马冲入敌阵以死殉国，被罗泽南、刘蓉及幕僚等人极力劝阻。
三十日，曾国藩紧急上奏两份战报：一份是内湖水军三次获胜的捷报，另一份是外江水军两次战败的奏折。他在奏折中称：水军先前屡获大捷，声威显赫。但在湖口苦战月余后突遭挫败，全因臣曾国藩指挥不当，请求朝廷严加处分。同时为阵亡将领史久立、李允升、李选众、沈光荣、葛荣册及指挥船官兵刘盛槐等人请求抚恤。
朝廷下谕旨称：“水师因锐气太盛，从湖口深入姑塘上游，导致长龙、舢板等战船与外江主力舰队隔绝，致使敌军气焰复炽。两次遭贼军夜袭营寨，确属指挥失当。但曾国藩自岳州出征以来，与塔齐布等同心协力，屡破贼寇，此次小挫无碍大局。其所请严加处分之处，着加恩宽免。钦此。”
杨载福原在邬穴养病，听闻战败消息后，抱病赶赴前线，指挥战船击退敌军。后因病情加重返回原籍休养。外江水军由李孟群、彭玉麟统领，与陆军协同驻守江岸；进入鄱阳湖的水军则由营官萧捷三、段莹器、孙昌国、黄翼升等分别统率。自此，湘军水师正式分为内湖与外江两支舰队。
当年正月，科尔沁郡王僧格林沁与胜保率军于独流大败太平军。二月，又在阜城击溃敌军。三月，太平军从安徽分兵进犯山东，攻陷临清州。西月，胜保率部在临清歼灭太平军，僧格林沁主力攻克阜城。五月，太平军攻占高唐州，清军随即将其重重围困。
去年冬季，江北清军收复扬州，太平军败退至瓜洲据守。本年二月，瞿腾龙在瓜洲战役中阵亡。太平军攻陷太平府，孙铭恩殉职。闰七月，江南官军收复太平府，江北督师琦善在军中病逝，江宁将军托明阿接替其职务。
庐州失陷后，皖北各城大多残破，朝廷任命福济为安徽巡抚。江南大营又派提督和春率军增援安徽。五月，清军收复六安州。此时捻军趁乱在安徽、河南交界处起事，副都御史袁甲三率军驻守临淮关进行防剿。何桂珍奉旨出任皖南兵备道，因道路阻隔未能赴任，袁甲三便命他统领乡勇剿匪，驻扎霍山。何桂珍屡立战功，计划西进与湖北清军会师。曾国藩也曾上奏调其来营，但因敌军阻隔未能实现。
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