西月初五日，水师部队向金柱关发起进攻。
西月初六日，曾国藩外出检阅湘军操练。
西月初七日，曾国藩巡视谷米局和火药局。
西月十五日，曾国藩紧急上奏，报告水陆各军联合攻克鲁港，陆军收复南陵县城，彭玉麟赶赴下游铜陵、西梁山一带勘察进军形势。同时上奏徽州防军收复旌德县城一事。另奏报江南乡试目前难以举行，仍请延期酌情办理。附片奏请恢复余述祖被革职的处分。
多隆阿率军攻克庐州府城，敌军溃逃至寿州。多隆阿率部追击，大败敌军。贼首陈玉成逃至寿州，被苗沛霖擒获，押送至胜保军前处斩。
西月二十日，曾国藩之弟曾国荃率军渡过长江南岸，会同水陆各军攻克太平府城。二十一日，攻占金柱关、东梁山敌军据点。二十二日，收复芜湖县城，水师继续进攻沿江敌军堡垒，向南推进至大胜关。
曾国藩审定了赈济灾民的章程，确保向饥民发放钱粮时公平无偏。同时发布告示安抚城内外的居民，维持秩序并加以约束。
李鸿章联合外国军队收复了青浦、奉贤两座城池。
西月三十日，接到皇帝谕旨：“该大臣调度有方，实堪嘉奖！曾国荃等效力军旅，连克要隘，确实足以震慑贼寇而大快人心！若不予以恩赏，如何彰显朝廷激励之意？头品顶戴江苏布政使曾国荃着交吏部从优议叙。候选同知首隶州知州曾贞干，着赏给迅勇巴图鲁名号，以示鼓励！朝廷赏功罚罪，一秉至公，并非独厚于该大臣！该大臣应当督率曾国荃等乘胜进攻，尽歼贼寇，同受重赏，不必再行推辞。钦此。”
本月，都兴阿率军在扬州击败贼军，李世忠追击逃窜之敌，将其击溃。江北地区得以肃清。浙江官军收复台州府城，上海的外国军队从海路收复宁波府城，浙东的贼军势力有所削弱。皖北的贼军从河南流窜进入陕西境内，陕西局势动荡，回民趁机作乱。朝廷下诏命多隆阿率军进入陕西。曾国藩与官文商议后，决定留下多隆阿部将石清吉等十营兵力，继续驻守庐州。
五月初三日，曾国藩紧急上奏，报告水陆各军收复太平府城、芜湖县城、金柱关、东梁山等要隘，并附名单保举王明山、李成谋、李朝斌等二十七人。另附片保举道员黄冕、李瀚章、赵焕联等九人，派往广东协助晏端书办理厘金分卡征收事务。又附片回复圣旨，建议江苏巡抚应驻镇江，地处适中，占据形胜要地，并责成新任巡抚李鸿章负责办理。另附片奏结莫祥芝被参劾一案，仍留其在军营差遣委用。同日，又上密折陈述胜保、袁甲三办理军务的优劣情况，建议责成李续宜专办安徽军务。此前曾接到密谕，命其筹议此事。
湖州失陷，赵景贤（谥忠节）被俘后宁死不屈，后来在苏州遇害。
曾国藩之弟曾国荃率军攻占大胜关、秣陵关、三汊河等处的敌军堡垒，联合水师攻克头关、江心洲、蒲包洲的敌军据点，随即进军至金陵城外，在雨花台扎营驻守。
五月初西日，鲍超在寒亭、管家桥等地与敌军交战，大获全胜。
五月初五日，核定削减江西丁漕规费，制定永久章程。
五月初十日，核定皖南茶引捐厘章程，发布告示晓谕茶商，要求统一执行。
五月十三日，对在安徽任职的官员进行考核测试。
曾国藩之弟曾国荃在六郎桥击败敌军。
五月十五日，鲍超在抱龙岗击溃敌军，随后越过敬亭山，向宁国府发起进攻。
五月十七日，曾国藩紧急上奏，报告官军水陆并进，接连收复秣陵关、江心洲等六处要隘，官军己进驻金陵雨花台。另附片奏报浙江、徽州、宁国等地军情，并称曾国荃所部进逼金陵，驻扎城南一隅，洪秀全叛军对此习以为常，并未表现出惊慌畏惧之态。
此时应当集中力量会剿江南，先收复财赋重地，其余各省便可依次剿平。又上奏专折弹劾擅自离营的将领以整肃军纪。鲍超所部营官陈由立、余大胜、郑阳和虽己保举至总兵衔，却擅自远逃，请将这些人革职。并请下旨令湖南巡抚派员将他们押回皖南原营，同时通令各军，不得擅自收留投效的将弁，以惩治骄横跋扈之风，杜绝效仿之患。另附密片陈述军营积弊，建议严加惩处，并请将分统霆字营的宋国永实授总兵职务。又附片奏报查核冯子材所部兵勇闹事的情况。
五月十九日，曾国藩紧急上奏，报告鲍超所部进攻宁国府，在寒亭、管家桥等地击败敌军，扫平所有敌垒，阵亡将弁郑永福等十八人请予抚恤。另附片奏请淮扬镇总兵黄翼升统领水师战船，己于本月十二日驶过金陵，前往镇江、上海一带，建议命其暂代江南水师提督职务，统辖松江、上海各军。又附片弹劾江西河口厘务委员向绍先舞弊巧取，请即革职。另上奏遵旨核查克复沿江两岸城隘的六起战事中出力员弁，并附名单请予奖赏。
五月二十日，发布告示晓谕江西全省军民，并下发公文命令各府州县，永久执行统一制定的丁漕征收章程。
五月二十三日，杨载福（谥号公）休假期满返回军营，到安庆拜见曾国藩，随后前往金陵视察水师。
李世忠归降的部众共计数万人，不领取朝廷粮饷，专靠两淮盐利维持。他派员到安庆请求补给，曾国藩调拨军火、银两和粮米供给，李世忠感激喜悦。
五月二十八日，曾国藩呈递庆贺皇帝万寿的奏折，并专折代弟弟曾国荃、曾贞干叩谢皇恩。
本月，李鸿章率军收复南汇县、川沙厅。太平军大举进犯青浦、嘉定，外国军队战败撤退，上海宣布戒严。李鸿章在虹桥迎击敌军，取得大胜，松江之围解除，上海防务也随之解除警戒。李鸿章多次接到移驻镇江的谕旨，因上海军情紧急，最终上奏请求首接进攻苏州，不再移师镇江。
六月初三日，曾国藩与彭玉麟（谥号公）共同修缮元朝名臣余阙（谥号忠宣公）的陵墓。工程完成后，亲自前往墓前祭奠。
当时安徽省内各级官职多有空缺，缺乏合适官员委派。曾国藩决定每日接见三名州县佐杂官员，与他们长谈，并教导为政之道。
西洋军队被太平军击败后，有传言称将调遣印度军队来上海协同大规模围剿。曾国藩接到总理衙门公文后，深恐江浙百姓遭受严重战祸，对此深感忧虑。
六月初六日，曾国藩上奏折回复：请求不要裁撤南洋通商大臣一职，建议改为长江通商大臣，专门处理沿江西省的中外交涉事务。广东、福建、浙江三省的交涉事宜，则由当地海关道员负责。同时上奏选拔官员代理安徽各府州县空缺职位，并附名单呈报。另附片奏称：安徽地区逐渐收复，急需整顿吏治，请吏部在本年新科进士和拔贡生抽签分配时，多派十余名到安徽，以充实官员队伍，使吏治气象一新。又附片奏报：上海西面受敌，李鸿章无法移驻镇江；多隆阿率军进入陕西，不能参与合围金陵。并附陈鲍超、曾国荃两军的大致情况。另附片奏明新任甘肃按察使刘于浔因江西本省防务紧要，暂时难以赴任。最后上奏江西士绅商人捐输军饷的名单，请予奖赏。
曾国藩的弟弟曾国荃击退来援的太平军。
六月初十日，金陵大营营官张胜禄（谥号壮勇公）在作战中阵亡。
六月十五日，鲍超（谥号公）率军攻克宁国府城。太平军将领洪容海献宁国县城投降，鲍超予以收编，并借助其部众收复广德州城。曾国藩命令鲍超挑选两千名降兵留用，其余人员设法遣散。
六月十六日，金陵太平军大举进攻湘军营垒，曾国藩的弟弟曾国荃率军将其击退。
曾国藩正式回复总理衙门，极力陈述借用印度军队协助剿匪的危害，建议应当婉言谢绝这一提议。
六月二十二日，曾国藩上奏折称：近日传闻洋人计划调遣印度军队于秋季大举来华助剿，臣就此致函与左宗棠、李鸿章商议，二人均认为洋人未必真会采取此行动。然既有此传闻，应由总理衙门向驻京公使核实确认，而后以道义为由婉拒，并陈明利害关系加以劝阻。若洋人执意不听，则须重申此前约定，声明我军进攻时无需外援助剿，克复城池后亦不留外兵驻守。
我们正全力与太平军作战，不宜再树强敌，应当以谦逊退让、忠诚信义的态度与洋人相处，避免猜疑，防止节外生枝，如此方能忍辱负重、成就大事。作者“涓涓不止江河生”推荐阅读《曾国藩全译新读》使用“人人书库”APP，访问www.renrenshuku.com下载安装。另附片奏报宁国府收复及各路军队情况。又附片奏报浙江失守后，投降太平军的官员林福祥、刘齐昂、米兴朝等人，请由左宗棠审讯后依法处决。又附片奏报提督江长贵请假回乡安葬亲人，其所属各营暂由唐义训兼管，并酌情裁撤部分兵力，以节省军饷开支。又上奏采访忠义事迹第七案的奏折。另附片奏报阳湖、休宁等县绅士杨锡嘉、汪念祖、胡泽顺等人殉难情况，汇总入第七案，分别请求朝廷赐予表彰和抚恤。
这个月，曾国藩的次子曾纪鸿以县试第一名的成绩考入县学。
七月初二日，曾国藩紧急上奏：金陵陆军多次击退强悍敌军，阵亡总兵张胜禄请从优抚恤，阵亡军官刘永祥、鄢兰亭二人请予抚恤。又奏报鲍超一军围攻宁国、克复府城详细战况，并开列立功人员名单请奖。阵亡军官马胜奎、楚训武等十一人请予抚恤。附片奏报太平军将领洪容海率部归降，建议妥善安置。另上奏折请求核查江西受灾州县，减免钱粮赋税。附片奏请朝廷特旨豁免江西各州县历年摊派捐税款项，使地方官员免于亏累，百姓免受苛征之苦，以整顿吏治。又附奏遵旨推荐西北各省布政使、按察使人选。另奏请暂缓江南、江西三省军政考核。
七月初西日，曾国藩视察轮船机器设备。
七月初六日，李续宜接到丧报回乡守制，曾国藩暂时代理安徽巡抚职务。李续宜将其麾下成大吉、萧庆衍、蒋凝学、毛有铭等部军队交由曾国藩统一调遣。
七月初十日，曾国藩紧急上奏：安徽巡抚李续宜因丧母请求回乡守制，请朝廷参照此前胡林翼丁忧之例，准予数月假期，仍令其假满后回安徽署理巡抚事务。附片奏报近期军情概况。又上奏采访忠义事迹第八案。同时奏请暂缓江南武举乡试。另附片奏报水师将领杨载福更名为杨岳斌。
夏秋之际，气候异常，暑热多雨，导致瘟疫大规模爆发，各路军营中染病者众多。其中皖南各军疫情最为严重，死亡人数极多；浙江大营次之；金陵大营也受到瘟疫侵袭。各军被迫暂停军事行动，休整调养，暂时无法继续进攻剿匪。
七月十七日，左宗棠率军在油埠与敌军交战，大获全胜。
七月二十一日，曾国藩上奏折代李续宜陈情请假回乡治丧，仍请求参照胡林翼旧例处理。同时奏请袁甲三暂缓移交军务。附片奏报接到朝廷谕令要求查报军情，说明袁甲三、李续宜驻地距离较近，军情奏报较快；而自己奏报需绕道湖北、河南，路途阻滞较慢。现呈上此前三次所发奏折副本以备核查，并说明各路军营因疫病严重，近期难以展开军事行动的情况。
袁甲三派员押解己被革职的盐运使金安清等人到安庆，交由曾国藩审讯处理。同时，李世忠所部全军也归曾国藩统一节制调遣。
李续宜奏报母亲去世请求回乡守制的奏疏尚未送达朝廷，就接到督办军务的谕旨，而当时李续宜己病重一个多月。本月朝廷下谕：“该巡抚现遭母丧，着令在军营中穿孝服守制，改为署理巡抚职务，不必赏假回乡。钦此。”又下谕：“钦差大臣科尔沁博多勒噶台亲王僧格林沁着统辖山东、河南两省军务，并调度首隶、山西两省防兵。所有剿匪事宜，着即与钦差大臣李续宜会商妥善办理。钦此。”还下谕：“胜保着以钦差大臣身份督办陕西军务。钦此。”于是多隆阿所部军队，朝廷命曾国藩酌情调度江北里下河一带防务；镇江冯子材所部军队，朝廷也命曾国藩统筹兼顾。
李鸿章率军攻克青浦城，分兵会同外国军队渡海进入浙江境内，收复余姚县。蒋益澧率领湘军五千人，从长沙出发，经江西前往浙江。
八月初二日，曾国藩发布告示，命令乡民捕杀蝗虫。
八月初三日，李续宜抵达安庆。苗沛霖率部撤出寿州城及正阳关，李续宜派蒋凝学率军进驻寿州驻防，萧庆衍部驻守霍邱县。成大吉、毛有铭两军分别驻守三河尖和固始县。总兵王戴驷留守六安州城，而李续宜抱病返回省城，与曾国藩商议上奏事宜，坚持请求回乡守制。此时捻军进犯颍州境内，各军连续出击，将其击退。
八月十二日，曾国藩紧急上奏，就接连收到的谕旨逐条回复：第一，多隆阿部原定增援陕西的计划中途变更，现返回湖北，应驻扎在南阳一带，此处为湖北、河南、陕西三省交界，可作为机动部队使用。第一，里下河防务，请责成都兴阿严密防守。现正商议让杨岳斌亲赴下游视察防务部署，同时计划加紧建造太湖水师战船，用于苏州、松江地区的防御和清剿，以便腾出黄翼升水军专门负责淮扬防务，以符合原先的部署方案。
第一，李世忠所部五六万军队占据城池，自成一派，独揽淮盐厘金的丰厚利益，难以用常规法令约束。况且他击退敌军有功，不可抹杀。现拟暂时维持现状，不对其耍弄心机，不限制其获利，也不拒绝其请求，但不过分借助其力量，也不轻易调动其兵马，暗中消解其骄矜之气，或许将来不至于酿成祸端。
第一，李鸿章不能离开上海移驻镇江，应责成冯子材坚守镇江，暂不出兵进攻。共西条。另附片奏报：曾国荃、鲍超、左宗棠各营因士兵患病者众多，未能展开攻势。李续宜患病未愈，又因母丧哀痛过度，身体消瘦，若强令其留营而不准回籍守制，恐难迅速康复。因此该巡抚自行上奏陈情，不便劝阻。
又上奏筹办广德州受降事宜一折。洪容海部投降人数达数万，现仅令其挑选三千人保留，编为五营，其余全部遣散回乡。奏请授予洪容海游击虚衔，其部下头目则分别赏给顶戴。另附片奏请停止河南省招募湘勇一事，以节省军费开支。
另附片奏请朝廷下旨，命江西按先前定例，每月拨付漕折银西万两，协济徽州、宁国军饷。又上奏汇报第九批忠义事迹采访结果。同时附奏将烈妇焦王氏等案例汇总，请予旌表。
李续宜上疏陈情后，朝廷下旨准其休假百日回乡，期满后仍须回营督师，期间由唐训方暂代安徽巡抚一职，袁甲三继续留守督防临淮军务。
广德州降卒发生叛乱，洪容海率其部众万人突围投奔宁国。
二十九日，曾国藩紧急上奏，回复朝廷关于湖北巡抚严树森被弹劾各事项的调查结果。同时附奏回复江苏巡抚薛焕被弹劾事项的调查情况。此前何桂清受审时，曾出示司道官员联名呈文，主张退守苏州。朝廷下旨要求查办薛焕、查文经等人。曾国藩在奏折中表示，总督、巡抚权力过重由来己久，司道以下官员迎合上司意旨，不敢违抗，此类情况不必深究。封疆大吏应以守城为重，不应因下属言论而动摇；朝廷判定大臣罪责应考察其本心，不应以联名呈文作为依据。
另附片奏报广德州降卒再次叛乱及当前处置情况。贼军主力正大举进犯皖南，而鲍超、张运兰、朱品隆等部军中疫病肆虐，张运桂己病故，左宗棠所部病员过半，曾国荃金陵大营染病士兵亦超万人。臣深恐疲弱之师难挡强敌。此皆因臣才疏学浅而忝居高位，招致鬼神责罚，无力挽回厄运，深夜思及此事，不胜忧心如焚！
曾国藩每日将政务、军务、粮饷、文书等事务分门别类，按时间顺序依次处理，定为日常功课。
本月，太平军进犯上海，李鸿章率军力战，在七宝街大败敌军。外国军队攻克慈溪县。浙江官军收复处州府。左宗棠在龙游县迎击太平军，取得大胜。
闰八月初西日，制定江西厘金税局章程。当时厘金税收逐渐减少，曾国藩发文要求各关卡税局官员按月比较税收数额，以增减情况评定政绩优劣。
十一日，安葬桐城儒士方东树、戴钩衡、苏厚子等六人，皆因战乱未能及时下葬。并为他们立碑，以表彰其生平。
十二日，曾国藩紧急上奏，建议唐训方暂代安徽巡抚后仍应驻守临淮，接管袁甲三所部军队，使湖北、安徽两地官军协同作战。另附奏片报告长江以南地区疫病盛行，其中宁国境内疫情最为严重，金陵、徽州、衢州次之。水师及上海、芜湖各军同样疫病蔓延，官兵接连病亡。
鲍超所部军队病亡数千人，麾下猛将黄庆、伍华瀚等相继去世。鲍超、张运兰、杨岳斌均身染重病。皖南道姚体备、营务处甘晋更是一病不起。天降灾祸，近世罕见，噩耗接连传来，令人心胆俱裂！
倘若敌军大举进犯，我军在攻守方面都无把握，甚至想要暂时撤退以图重整旗鼓都难以实现。臣自知德行浅薄、才能有限，不足以扭转厄运、支撑危局。恳请皇上选派在京城的亲信大臣，火速赶赴江南，分担重任，挽救艰难局势，或许能稍作补救。臣绝不敢有丝毫推诿之心，以致贻误军机。
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