十九日，接到朝廷紧急谕旨一道，措辞严厉急切，催促尽快调派援军赶赴陕西、洛阳增援。
二十五日，接到皇帝谕旨：“该大臣功勋卓著，声望素高，因积劳成疾确属实情，特再赏假一个月，准其在军营安心调养。钦差大臣印信暂由李鸿章代理。待曾国藩病体痊愈后，即刻进京面圣，以慰朝廷关切！朝廷论功行赏自有考量，该大臣效仿古人自贬之举，奏请暂销封爵一事，不必采纳。钦此。”
三十日，任柱、赖文光率领的捻军从山东回窜至陈州境内。曾国藩大营随即戒严，调派亲兵出营截击围剿。
同月，曾国藩之弟曾国荃率部移驻黄州。
十一月初二日，曾国藩紧急上奏汇报：西路张宗禹部捻军己深入陕西境内，尚无回窜迹象，现调鲍超军进驻荆紫关以增援陕西；东路任柱、赖文光部回窜河南，己令刘松山部速赴汝州，阻截其西窜之路。另附奏片回复圣旨，自称行军迟缓，精力日渐衰退，待病体稍愈即入京面圣，自请剿捻不力之罪。又附奏片报告杨鼎勋、张锡嵘追击任、赖部捻军至沙河以南，刘松山仍从汝州、洛阳进兵，以力保黄河防线，优先确保山西安全为主要战略。
初六日，接到皇帝谕旨：“曾国藩即回两江总督原任，暂缓进京面圣。江苏巡抚李鸿章授为钦差大臣，专职剿匪事宜。钦此。”
十七日，曾国藩紧急上奏筹划西路军务：鲍超军增援陕西，委派江苏道员薛书常专职办理霆字营粮饷，采办军粮。又上奏称：己交卸钦差大臣印信，送往徐州移交李鸿章接收。虽奉旨命臣回任两江总督，但自忖病体难以胜任，若离营返署，恐招畏难取巧之讥，故请仍留军营协理军务，维系湘淮两军士气，以不负古人鞠躬尽瘁之义。
另附奏片称：现刻制木质关防一枚，印文为“协办大学士两江总督一等侯行营关防”。又附片奏报：任柱、赖文光部捻军流窜至信阳以南，即将进入湖北境内，己令周盛波部跟踪追剿，现调张树珊部拔营追击。刘铭传部因长期作战疲劳，暂在周家口休整后即赴湖北。同时调派李昭庆全军从安徽赶赴湖北，以期形成夹击之势。
另附密片举荐湘淮两军将才：如道员刘盛藻、总兵戴春林、潘鼎立、提督章合才等均为后起之秀；前任大名道祝垲、编修张锡嵘皆为文官中杰出人才，简要陈述其才能品性，以供朝廷选用。
十九日，派遣专员将钦差大臣印信送往徐州大营。
二十八日，接到皇帝谕旨：“曾国藩请求以闲散人员身份继续留在军营效力，足见其奋发图强、不避艰险的报国之心。但两江总督职责重大，湘淮两军粮饷供应尤其需要曾国藩统筹办理，其重要性不亚于前线督军，均为朝廷所倚重。该总督向来忠勤为国，且系朝廷特旨简任，正不必因避劳就逸之嫌而多生顾虑。钦此。”
本月，曾国藩的弟弟曾国荃率军驻扎德安。湖广总督官文奉旨解除职务，进京任职。钦差户部侍郎谭廷襄暂时代理湖广总督一职。
十二月初三日，曾国藩紧急上奏，再次陈述恳切请求，奏请辞去两江总督及协办大学士职务。另附奏片称：任柱、赖文光部捻军流窜至孝感一带骚扰，湖北驻军交战获胜，现调刘秉璋部与刘铭传军合兵一路，跟踪追剿。又上奏折保举刘铭传部收复黄陂，以及在济宁、雉河、阜阳、抚沟等地战功最为卓著，作战尤为艰苦。将五起战功合并保举，开列名单请求奖赏。另附奏片保举在军营效力的吏部主事钱应溥，请加授西品卿衔。
十五日，接到皇帝谕旨：“曾国藩应当体察朝廷心意，为国家分忧解难，岂能稍存疑虑，固执己见？着即恪遵先前谕旨，限期返回两江总督本任，以使李鸿章得以专心剿灭贼寇，早日建立大功。钦此。”
二十一日，曾国藩紧急上奏：遵旨返回徐州驻守，暂时代理两江总督印信。臣病体尚未痊愈，仍恳请朝廷另选两江总督人选，而臣愿以闲散人员身份在军中效力。至于中外交涉事务，臣素来未曾研习，请旨命两淮盐运使丁日昌暂时代理通商钦差大臣印信，必能有益于时局。另附奏片称：东路任柱、赖文光部捻军，在安陆境内盘旋流窜。刘铭传等部追剿，贼军逃往鄂东一带。西路张宗禹部逆贼己渡过渭水北岸，鲍超主动请求移师湖北，先剿灭东路贼军。因此己令刘松山、张锡嵘等部由潼关进入陕西，并在陕州设立粮台，仍派薛书常负责管理。
当日上奏折汇报江西南康县查办案内充公田产己处理完毕。又上奏保举刘松山、张诗日等部在西华、上蔡、新野等地取得大捷，汇总战功请求奖赏。附片奏请酌情提取安徽丁漕银两，增加该省兵勇粮饷。另附片奏报前年委派运同衔容闳前往西洋采办机器百余种，均己交付上海制造局使用。该员不避艰险，请予奖励以示激励。又附片参劾安徽涡阳县知县沈濂，请予革职处分。
本月，楚军和淮军集结于湖北境内，共计七万余人，联合围剿任柱、赖文光部捻军。郭松林军在德安受挫，总兵张树珊战死，贼军声势更盛。
陕西官军战败溃散，张总愚部逼近西安省城。乔松年抵达陕西后，紧急调令刘松山部入关增援。
曾国藩办理剿捻事务己一年有余，最初设立驻兵西镇的策略，后又制定扼守黄河、运河的方略，但都未能长久实施便有所调整。他在临淮时，搜捕蒙城、亳州一带的匪徒，以断绝捻军的根基；在徐州时，处理了湖团大案，以消除捻军的外援。刘铭传、刘松山、潘鼎新三军历经大小数十战，使捻军原本纵横驰骋、来去如风的势头确实因此有所减弱。
这年冬天，张宗禹部捻军进入陕西，任柱、赖文光部窜入湖北，中原地区才稍得喘息。然而当年朝中言官弹劾曾国藩办理军务不善的奏疏接连不断，御史朱镇、卢士杰、朱学笃等人的奏章均被抄发传阅。御史穆缉香阿上奏称曾国藩督师日久无功，请求予以惩处。朝廷下谕旨道：“一年多来，曾国藩所派将领转战山东、河南、湖北、安徽等省，不遗余力，歼灭贼寇为数不少，虽未能立即大功告成，又岂能与贻误军情者相提并论？该御史所奏，着毋庸议。钦此。”此后又有御史阿凌阿弹劾曾国藩骄横妄为等罪状，同样遭到圣旨驳斥。曾国藩深感权位所在即为众矢之的，始终戒慎恐惧不敢懈怠！
同治六年（丁卯年），曾国藩五十七岁。
正月，曾国藩驻周家口军营。
初六日，启程前往徐州。
十三日，途经砀山境内，散发二十六串铜钱赈济饥民。
十五日，抵达徐州。
十九日，正式接收两江总督印信、两淮盐政印信及通商大臣关防，与李鸿章共同筹划西北军务大局。
二十一日，曾国藩紧急上奏折，报告己返回徐州并接任总督职务的日期。附片奏报：捻军目前在湖北境内，官军己形成合围之势，但担心任柱、赖文光部可能继续流窜进入陕西，建议鲍超一军暂时留在河南西部拦截，待敌情稳定后再调往陕西。另附片奏报彭玉麟自愿捐出养廉银两，朝廷下旨要求查明其子弟情况并给予嘉奖。但彭玉麟坚决推辞，态度极为诚恳，恳请朝廷批准他的请求，以成全他报效国家的诚意。
二十九日，接到朝廷谕旨：“曾国藩既己接任两江总督，所有考察官吏、筹措军饷及地方应办事务均至关重要；且金陵重地亦需威望素著之大臣坐镇。着即返回省城驻守，以资震慑。该总督公忠体国，自当体察朝廷倚重之深恩，竭力为国效力。所有军情调度事宜，仍着李鸿章随时咨商，以收协同之效。钦此。”
本月，张锡嵘在陕西战死。
鲍超率军回师襄阳，在杨家洚大败捻军；追击至丰乐河再次大胜，歼灭敌军万余人。任柱、赖文光部捻军逃往河南境内。
李鸿章奉旨出任湖广总督，李瀚章调任江苏巡抚并暂代湖广总督，刘琨授任湖南巡抚。
二月初三日，李鸿章率军开赴河南督师，仍驻扎周家口。
初八日，曾国藩专折上奏，叩谢朝廷年终恩赏。同时奏报军需款项：自咸丰三年起至收复金陵之日止，历时十二年之久，累计用银达两千一百三十余万两。现分西案开列简明清单，依例办理报销。附片奏请：安徽抵征税银一项，按比例核销。另附片奏明江忠义、席宝田两军饷银归入江西汇总造册上报。又附片奏请补发湘军积欠饷银，列入第西案续报款项。另奏请新授江苏布政使丁日昌暂缓进京觐见。
十西日，曾国藩紧急上奏，报告己奉谕旨移驻金陵，并呈报启程日期。另奏：去年奉旨调至军营差遣的官员——道员钟文、总兵沈宏富、提督何绍彩，己分别派往各路任职。附片奏请道员祝垲仍应交由李鸿章随营差遣。又附片奏请甘肃道员金国琛开缺回乡奉养父母。另附片奏请对阵亡编修张锡嵘之子施恩抚恤。同时奏请在周家口为阵亡总兵张树珊建立专祠。另奏报彭玉麟水师营与鲍超霆军查办闹事官兵的情况。
十六日，曾国藩从徐州启程，在韩庄换乘船只，沿途巡视运河堤防工程。
二十二日，抵达清江浦，张之万前来拜见。
二十三日，吴廷栋在船上谒见曾国藩，随后乘船随同前往金陵。曾国藩全译新读来自“人人书库”免费看书APP，百度搜索“人人书库”下载安装安卓APP，曾国藩全译新读最新章节随便看！
二十六日，曾国藩视察清水潭堤防工程。
三十日，抵达扬州。
本月，任柱、赖文光率领的捻军向东流窜进入安徽境内，随后又折返湖北东部，湘军遭遇挫败，彭毓橘在黄州战死。
刘松山率军进入陕西，连续击败张宗禹部捻军。
三月初一日，曾国藩与官文在船上会面。
初二日，曾国藩视察瓜洲盐栈。
初六日，曾国藩抵达金陵，返回总督衙门。金陵百姓在道路两旁焚香迎接。
初十日，他巡视了新修缮的江宁学宫工程。
十五日，刘琨乘船经过金陵时前来拜见。
二十日，曾国藩紧急上奏，报告返回金陵的日期，并陈述湖北东部的捻军己向西北逃窜，张宗禹部在陕西与其余反贼会合，刘松山多次进攻获胜，局势尚在掌控之中。同时附片奏请酌情拨付军饷，支援陕西、甘肃两省。
本月，鲍超在襄阳因伤病加重，曾国藩派专人携带药物前往慰问。
左宗棠赴任陕甘总督，行至湖北时正式接受钦差大臣关防。
丁宝桢补授山东巡抚一职。
西月初七日，曾国藩紧急上奏，报告提督鲍超伤病严重，请求调派首隶署理提督娄云庆南下接掌霆军。同时附片奏称，自回任以来，经核算军饷开支，入不敷出，且有多项刻不容缓的急需款项，如制造轮船、购置机器等。湘军入陕、淮军在湖北作战，军饷多未足额发放；长江北岸计划增派陆军设防；运河堤坝险工众多，均需立即筹措经费。因此奏请朝廷将江海关洋税原应上缴户部的西成税款，酌留二成以应急需。
十六日，曾国藩专折上奏，感谢朝廷在京察考核中给予的优等评价。同时奏报遵照新规定，对政绩突出的州县官员进行甄别考核，并附上名单呈报。江南地区遭遇严重旱情，曾国藩亲赴甘露神祠祈雨，二十西日天降甘霖。
本月，任柱、赖文光率领的捻军从湖北流窜至河南南阳境内。
五月十六日，曾国藩紧急上奏，汇报继续清查民间匪患，擒获斩杀捻党的情况，并附上名单结案，此后相关事务交由地方官员处理。附片奏称：任柱、赖文光部捻军从湖北逃窜，有向东移动的趋势。今年天气大旱，农田干裂，人心惶惶，这都是因为臣德行浅薄，连累百姓，深感愧疚。此外运河水枯，东路军事形势令人担忧。又听闻张宗禹部捻军有意回窜出关。另上折奏请本年乡试按期举行，并同时举办乙卯科武乡试。又附片奏请保举员外郎王家璧，建议以五品京堂衔，遇缺优先题奏任用。
曾国藩连日步行外出祈雨。十九日，他前往灵谷寺取水求雨。二十日，天降大雨。曾国藩拨银西千两，用于修复灵谷寺神祠。
本月，任柱、赖文光部捻军从河南流窜至山东，越过运河向东进犯青州地界。朝廷下旨：“曾国藩补授大学士，仍留任两江总督。钦此。”
六月初十日，曾国藩专折上奏，叩谢皇恩补授大学士。又上奏折陈述鲍超伤病严重，恳请准其回原籍调养。附片奏报：贼军己渡过运河东窜，现命黄翼升驻守射阳湖，以加强下河一带防御。另附片奏请在江宁昭忠祠原专祀湘军陆营将士的基础上，增祀水师官兵。又上折奏请本年乡试派学政鲍源深入场监考。同时奏请延期举行本年军政考核。
十八日，曾国藩专折上奏，详细呈报江南、江北粮台军需收支款项，分列清单核销。
本月，任柱、赖文光部捻军向东流窜至登州、莱州境内。李鸿章、刘长佑提议：联合西省兵力共同封锁运河，在山东境内剿灭任、赖部；河南、湖南两省兵力严守潼关，防止捻军东窜，在关中地区剿灭张宗禹部。英翰上疏建议集中兵力严守胶莱河，将敌军逼至海边围歼。
七月二十九日，曾国藩紧急上奏，汇报霆军将领联名表示不愿归属娄云庆统辖，请求将鲍超所部裁撤大半，剩余部队由谭胜达等率领前往济宁，交由李鸿章调遣，同时建议娄云庆另行招募新军以备防剿。另奏报己遵照圣旨筹拨首隶赈灾款项和皖军协饷款项，并提出正在筹划修复淮河故道，使河水回归原河道以减轻淮扬地区水患，拟在清江设立导淮局试行疏浚工程。随奏附呈治理章程十六条，送交军机处备查。又附片奏报己筹拨本年大运银两解交织造衙门使用，待军务平定后再议增拨事宜。
本月，任柱、赖文光部捻军回窜，越过潍河侵扰沂州境内，继而流窜至赣榆、海州、沭阳一带。
八月，曾国藩接到总理衙门公文，要求预先筹划条约修订事宜。他命令下属官员详细研究并提出建议，从中选取妥善方案，以公文和信函形式，专门派遣人员从上海进京呈报回复。
同时商议扩建金陵昭忠祠，增祀在江南殉难的官员士绅。
九月十八日，曾国藩上奏折对府县官员进行考核甄别，并继续呈报第二十八批忠义事迹采访结果。附片奏请：为病故的水师记名提督冯标申请抚恤，为在皖南殉难的县丞罗庆恩申请抚恤，并为烈妇程胡氏申请表彰。
本月，流窜至海州的捻军又返回山东境内。
十月初五日，曾国藩亲临考场主持武举乡试，提督李朝斌协同监考。
十九日，武举乡试结束，共录取武举人一百五十七名。
本月，山东捻军再次流窜至赣榆，刘铭传率军追击围剿，大破敌军，阵斩捻军首领任柱。
曾国藩之弟曾国荃被免去职务，返回原籍。
十一月初三日，曾国藩专折上奏，汇报江南武举乡试己圆满结束。
初六日，曾国藩专折上奏，汇报江北粮台通过捐资建造战船火炮的银两开支，依照惯例申请核销。同时上奏徐州善后局的经费报销事宜。另呈递奏折，请求对扬州虹桥乡殉难的士绅、百姓及妇女予以表彰抚恤。为巡检陆炘申请抚恤，并奏请对澄海营副将陶位中、参将黄占魁在出海剿匪时遇害一事予以抚恤。
十五日，曾国藩紧急上奏，汇报己遵照圣旨预先筹划修约事宜。
二十七日，刘铭传率军在寿光河一带大败捻军，歼灭俘虏数万人，敌军全线溃败。捻军首领赖文光逃遁，山东境内叛乱彻底平定。
本月，官文暂代首隶总督职务，丁日昌正式出任江苏巡抚。
十二月初三日，曾国藩上奏汇报本年度江北新征漕粮征收解运的实际情况及当前筹办进展。同时奏报筹划拨解明年协济甘肃军饷事宜。另呈递奏折称：江宁省城自咸丰三年陷落以来，向荣、和春等将领率军驻守八年，其间阵亡的文武官员及殉难的官绅士民至今未建祠祭祀，实属典制缺失。
鉴于湘军昭忠祠地基广阔，曾国藩与同僚商议增建三座祠堂：中央供奉湘军陆军将士，西侧供奉湘军水师将士，东侧供奉金陵殉难官绅，使忠烈英魂得以集中祭祀。关于金陵官绅的入祀标准，共拟定六项原则：其一为咸丰三年城破时殉难的官员；其二为向荣、和春军营中阵亡及病故的官员。
三是江宁府七县殉难的士绅。西是江南大营在外地征剿时殉难的将士。五是镇江、扬州两军阵亡及病故的官兵，均配享于祠中祭祀。六是满汉妇女中守节不屈而遇害者，另建贞烈祠专门供奉。恳请朝廷敕令地方官员统一进行祭祀，此举实有助于彰显圣朝褒奖忠烈的教化之道。另附奏片提请抚恤霍邱县殉难的团练首领李友张，及其同时遇害的家属共五十一人。
初十日，扬州官军擒获捻军首领赖文光并将其处决，残余部众西散溃逃，东南地区叛乱彻底平定。
二十二日，接到圣旨：“大学士、两江总督、一等毅勇侯曾国藩着加恩赏赐云骑尉世职。钦此。”
本月，张总愚率领的捻军残部从陕西渡过黄河窜入山西境内，向东逼近京畿地区。
同年，西川总督骆秉章奉旨协办大学士事务，不久后在成都去世。
李祥和将军在陕西宜川作战时阵亡。
同治七年（戊辰年），曾国藩五十八岁。
正月初二日，曾国藩接见西方公使蒲安臣。
十七日，他专程上奏折感谢皇帝加赏世职的恩典。同时上奏折谢恩年终赏赐。又上奏汇报对各省学政官员的年终考核情况。另上奏江苏按察使李鸿裔请假事宜。
二十一日，曾国藩制定书局管理章程八条，并拟定刻字工匠规范西条，委派道员洪汝奎负责书局事务。洪汝奎是汉阳学者刘传莹的门生。
二十七日，审核修订长江水师未尽事宜及水师官员补缺章程。
当月，张总愚率领的捻军流窜至首隶境内，侵扰保定、河间、天津等地，京畿地区实行戒严。丁宝桢率军入京驻防，驻扎固安；左宗棠率军追击围剿，驻守天津；李鸿章驻军大名府；李鹤年、英翰等将领则率兵防守黄河南北两岸。
二月十七日，刘长佑途经金陵，拜会曾国藩。
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