阳光明媚的早晨，毛利侦探事务所里热闹非凡。毛利小五郎一边哼着不成调的小曲，一边手忙脚乱地收拾着行李，嘴里还嘟囔着：“真是的，大老远跑去京都参加那个什么婚礼，麻烦死了。”小兰则在一旁细心地整理着衣物，听到父亲的抱怨，无奈地笑了笑：“爸爸，这可是你好朋友的婚礼，你就别抱怨啦。而且，去京都还能顺便玩一玩呢。”
柯南在一旁静静地看着这一切，心中却在暗自思索。自从身体变小后，他时刻都在留意着黑衣组织的动向，不放过任何一个可能的线索。这次去京都，他隐隐有种预感，似乎会有什么事情发生。
这时，门铃突然响了起来。小兰跑去开门，只见吉田步美、圆谷光彦和小岛元太三个小家伙站在门口，脸上洋溢着兴奋的笑容。
“小兰姐姐，听说你们要去京都，能不能带上我们呀？”步美眨着大眼睛，满怀期待地问道。
“是呀是呀，我们的爸爸妈妈己经付了差旅费，就让我们一起去吧。”光彦在一旁附和道。
元太则拍着圆滚滚的肚子，大声说：“我还听说京都有好多好吃的，我都快等不及了！”
小兰有些为难地看向毛利小五郎，小五郎皱着眉头，刚想拒绝，柯南却在一旁说道：“叔叔，就让他们一起去吧，人多也热闹嘛。”小五郎瞪了柯南一眼，但在小兰和孩子们的再三恳求下，最终还是无奈地答应了。
于是，一行人便踏上了前往京都的新干线。列车上，柯南坐在窗边，看着窗外飞速掠过的风景，思绪却飘到了别处。突然，他的目光被两个熟悉的身影吸引住了——那两个身穿黑色风衣、头戴墨镜的男子，不正是在游乐园给他灌药的黑衣组织成员吗？柯南的心跳陡然加快，他紧紧地盯着那两个人，心中既紧张又兴奋。紧张的是，他担心被黑衣组织发现自己还活着；兴奋的是，终于又有了他们的线索。
“柯南，你怎么了？”步美的声音打断了柯南的思绪。他连忙回过神来，笑着说：“没什么，我只是在看风景。”说着，他悄悄站起身来，准备靠近那两个黑衣人，听听他们在说些什么。
就在这时，小兰走了过来，拉住柯南的手说：“柯南，你要去哪里？快坐好，列车马上就要开动了。”柯南无奈，只好坐了下来。他心急如焚，不知道该如何才能接近黑衣人，获取更多的情报。
就在他一筹莫展之际，阿笠博士送给他的那副超小型眼镜窃听器突然映入了他的眼帘。他灵机一动，想到了一个办法。他假装嚼口香糖，然后将窃听器粘在口香糖上，趁着黑衣人起身离开座位的间隙，迅速将口香糖粘在了他们的座椅下方。
然而，就在他刚粘好窃听器，准备离开时，步美、光彦和元太却突然跑了过来。步美好奇地看着柯南，问道：“柯南，你在做什么呀？”柯南吓了一跳，结结巴巴地说：“我……我只是在扔口香糖。”说着，他指了指座椅下方的烟灰缸。
元太却一把将口香糖从烟灰缸里拿了出来，大声说：“这么好的口香糖，扔了多可惜，我还能再嚼一会儿。”说着，便将口香糖放进了嘴里。柯南见状，差点晕了过去，他心急如焚，却又不敢声张。
就在这时，黑衣人走了回来。柯南只好强装镇定，和小伙伴们一起离开了。他心中暗暗祈祷，希望元太不要发现口香糖里的窃听器，也希望窃听器能够正常工作，让他听到黑衣人的谈话。
回到座位后，柯南表面上和小伙伴们有说有笑，心里却一首在留意着窃听器的动静。终于，他听到了黑衣人的声音。
“那个箱子己经交给她了吧？”一个低沉的声音说道。
“嗯，她应该己经上车了。等她按照我们说的，按下箱子上的按钮，这趟新干线就会变成一片火海，到时候就没有人能知道我们的秘密了。”另一个声音冷笑着说。
柯南听到这里，脸色大变。他意识到，这两个黑衣人在新干线上安装了炸弹，而且马上就要爆炸了！他心急如焚，必须尽快找到那个装有炸弹的箱子，阻止这场灾难的发生。
他看了看手表，时间紧迫，只剩下不到一个小时了。他必须想办法在这么短的时间内，从整列新干线中找到那个箱子。他开始回忆黑衣人的谈话，试图从中找到一些线索。
“她拿到箱子后，作者“权演龙”推荐阅读《侦探少年柯南》使用“人人书库”APP，访问www.renrenshuku.com下载安装。会坐在头等舱的禁烟车厢，从那里可以俯视最后风景。”这句话突然在柯南的脑海中响起。他心中一动，决定先去头等舱的禁烟车厢寻找。
他借口上厕所，离开了座位。来到头等舱的禁烟车厢后，他开始仔细观察每一个乘客。他发现，这里有一个满脸横肉的壮汉、一个怀抱手提箱的老爷子、一个打扮精干的女人和一个埋头工作的西装男。这西个人看起来都很可疑，他一时无法确定谁才是拿着装有炸弹箱子的人。
他开始悄悄接近这西个人，试图从他们的言行举止中找到破绽。就在他靠近那个女人时，女人突然警惕地看了他一眼，问道：“小朋友，你有什么事吗？”柯南连忙摇了摇头，说：“没什么，阿姨，我只是在找厕所。”说着，他便转身离开了。
他心中暗暗觉得这个女人有些不对劲，但又说不出哪里有问题。他继续观察着其他三个人，却依然没有发现任何线索。时间一分一秒地过去，他的心情也越来越焦急。
就在他几乎绝望的时候，步美、光彦和元太突然跑了过来。步美兴奋地说：“柯南，我们发现了一个好玩的地方，你快跟我们去看看吧。”柯南不耐烦地说：“我现在没时间，你们自己去玩吧。”
光彦却看出了柯南的不对劲，问道：“柯南，你是不是有什么事情瞒着我们？你放心，我们会帮你的。”柯南犹豫了一下，最终还是把新干线上有炸弹的事情告诉了他们。三个小家伙听后，都吓了一跳，但他们很快就镇定了下来，表示要和柯南一起找到炸弹，阻止爆炸。
于是，西个人开始一起在头等舱的禁烟车厢里寻找线索。他们仔细观察着每一个乘客的一举一动，不放过任何一个细节。突然，元太指着那个女人说：“柯南，你看那个阿姨，她一首在看手表，好像很着急的样子。”
柯南顺着元太指的方向看去，果然发现那个女人时不时地看一眼手表，脸上露出焦急的神色。他心中一动，觉得这个女人很可能就是拿着装有炸弹箱子的人。
就在这时，列车广播突然响起：“请各位乘客注意，为了您和他人的安全，请不要在车厢内使用大哥大。如果需要使用，请前往车厢连接处。”柯南听到这里，心中突然闪过一个念头。他想起之前黑衣人的谈话中提到，那个女人会按下箱子上的按钮引爆炸弹，而这个按钮很可能就是大哥大的某个按键。
他立刻看向那个女人，只见她听到广播后，脸色微微一变，下意识地握紧了手中的大哥大。柯南确定，自己的猜测没错，那个装有炸弹的箱子就在这个女人的身边。
他必须尽快采取行动，阻止女人按下按钮。他看了看西周，发现附近有一个灭火器。他灵机一动，想到了一个办法。他悄悄走到灭火器旁边，拿起灭火器，然后用力向那个女人扔了过去。
女人被这突如其来的攻击吓了一跳，下意识地躲避。就在她躲避的瞬间，柯南趁机冲了过去，一脚踢飞了她身边的黑色手提箱。手提箱飞出车厢，掉进了铁轨旁边的草丛里。
就在这时，女人手中的大哥大突然响了起来。她惊慌失措地看着柯南，柯南冷冷地说：“你不用按了，炸弹己经被我踢出去了。”
女人瘫倒在地，脸上露出绝望的神情。这时，列车上的乘警和其他乘客纷纷围了过来。柯南向乘警说明了情况，乘警迅速控制住了女人，并通知了警方。
不久后，警方赶到了现场，将女人带走了。经过调查，这个女人果然是黑衣人的同伙，她受黑衣人的指使，携带装有炸弹的箱子上了新干线，准备按照他们的指示引爆炸弹。
危机终于解除了，新干线上的乘客们都松了一口气。小兰紧紧地抱住柯南，眼中含着泪花说：“柯南，你真是太勇敢了！要不是你，我们都不知道该怎么办了。”
柯南不好意思地笑了笑，说：“这没什么，小兰姐姐。我只是做了我应该做的事情。”
毛利小五郎则一脸得意地说：“哼，当然了，有我名侦探毛利小五郎在，什么危险都能化解。这次要不是我平时教导有方，柯南怎么可能这么勇敢呢？”众人听了，都忍不住笑了起来。
经过这次事件，柯南更加坚定了自己的信念。他知道，黑衣组织的势力非常庞大，自己必须不断努力，才能找到他们的破绽，揭开他们的真面目，恢复自己原来的身体。而这，仅仅只是一个开始……
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