随着伊势北畠家本据多气城（多艺城）的陷落，以及现任家督北畠具教被暗杀身亡，出身于南朝一方有力武家，且盘踞在南伊势半国之地长达二百二十余年的伊势北畠家在事实上已经覆灭了。
而且，被伊势北畠家长期庇护的大塔宫、小仓宫等南朝宗室后裔也皆被上杉军偏师大将沼田祐光先后铲除，无一人幸免。
虽说北畠具教的嫡男北畠具房之前被北畠晴具、北畠具教安排留守于大和宇陀郡秋山城之中，以防鸟屋尾满荣、大宫含忍斋、芝山秀时、三濑藏人等亲上杉家的家中重臣们叛离，但他终究没有什么人望，更没有其父北畠具教那样高超的剑术。
当大河内城、多气城两城先后陷落，以及北畠晴具、北畠具教二人皆死于非命的消息传至大和宇陀郡竟然后，北畠具房再也坐不住了。
北畠具房可没有列祖列宗那样的胆略，加上留守在南大和宇陀郡、吉野郡两郡境内的家中重臣们大都是伊势北畠家中亲上杉家一派之人，他非常担心这些人叛离后拿着自己的首级去向上杉清定邀功请赏。
于是，北畠具房便带着十名马廻众，逃往妹夫本善寺（吉野本善寺、饭贝御坊，山号六雄山）住持本善寺证珍处寻求庇护。
别看本善寺是石山本愿寺的分寺之一，但自从本善寺于文明八年（1476年）由第八代一向宗法主本愿寺莲如之子本善寺实孝（本善寺兼继）开基以来，并没有像其他净土真宗寺院、道场、讲等各级设施那样进行大肆暴力传教、豢养僧兵，反而是一度归金峰山寺（金峰山修验本宗总本山）管辖。
当然，本善寺也并非真的是专注于钻研佛法的寺院。
因为大和一国境内的南都六宗（三论宗、法相宗、成实宗、俱舍宗、华严宗、律宗）实在是影响力太大，且拥有大量的寺领、信徒，像净土真宗这样的新兴教派自然不能与之正面抗衡。
不过，在本善寺历代住持的不懈努力下，依托六雄山的险峻地势，不断兴建兵砦、箭橹，将寺院、门前町加固的如同城池一般。
而且，本善寺实孝的婿养子本善寺证珍（顺兴寺实从次男）在继任本善寺住持之位后，更是与伊势北畠家交好，并迎娶了北畠具教之女为正室。
不仅如此，本善寺证珍还趁着后奈良天皇在世，且朝廷入不敷出、财政窘迫之际，通过大量献金换得了门迹宣下，使得本善寺的寺格早已凌驾于总本山石山本愿寺之上。
面对北畠具房的投奔，本善寺证珍并没有拒绝。
在本善寺证珍看来，北畠具房是自己的义弟、小舅子，若是毫不相干的外人，那他还真得好好考虑考虑。
而鸟屋尾满荣、大宫含忍斋、芝山秀时、三濑藏人等亲上杉家的伊势北畠家重臣们在获知北畠晴具、北畠具教父子死于非命的消息后，是万分悲痛，并在致信本善寺证珍，请求其为北畠晴具、北畠具教父子做法事祈福。同时，他们依旧在宇陀郡、吉野郡两郡之中的各处重镇要地加强戒备，丝毫没有向上杉家降服的迹象。
即便如此，上杉家这边倒是没有向大和一国发兵的迹象。
上杉清定早就听闻了鸟屋尾满荣、大宫含忍斋、芝山秀时、三濑藏人等伊势北畠家重臣们在南大和两郡境内顽强抗击三好家的侵攻，这才使得金吾畠山家始终没有被三好家、六角家、赤松家、石山本愿寺等敌对势力孤立。
为了能够不让南大和宇陀郡、吉野郡两郡诸将在上杉家发起对三好家大规模反攻之际加入敌对势力一方，以及尽快稳定伊势、大和、志摩等国的形势，清定在经过一番权衡后，便决定安抚南大和宇陀郡、吉野郡两郡诸将，并保留伊势北畠家的家名。
于是，清定就以本誓寺住持本誓寺超贤作为使者，前往吉野郡境内的本善寺，指认北畠具房为新一任伊势北畠家家督，并领有南大和宇陀郡、吉野郡两郡之地。同时，他还不忘将多气城更名为雾山城，已是此地已经易手。
至于南伊势半国之地，清定可不打算还给伊势北畠家，反而是派遣在经略尾张、伊势两国过程中表现活跃的沼田祐光前去坐镇雾山城，让其从骏河骏东郡户仓城转封至伊势一志郡雾山城，领有饭高郡、饭野郡、多气郡、一志郡四郡之地，并担任饭高郡、饭野郡、多气郡、一志郡四郡郡司兼山田奉行、大凑奉行，负责伊势神宫、山田町、大凑的日常维护与经营。
另外，对伊势北畠家的降将们，清定也选择了一部分收为己用。
其中，像足智多谋的鸟屋尾满荣、擅长枪术的家城之清（枪主水）、擅长弓术的日置大膳亮与大宫含忍斋等人皆被清定收为直臣。
被清定挑剩下的安保直亲、远藤五郎左卫门、石丸有定、长野左京亮、加留左京进、佐佐木四郎左卫门尉、池尻平九卫门尉、天野佐左卫门尉等伊势北畠家降将们则是被他配置给沼田祐光担任与力，协助沼田祐光对伊势一国进行大规模检地。
而讨取自己外公北畠晴具的大河内城城主大河内具良，清定倒是对其所作所为深感不齿。
南伊势大河内家本就是伊势北畠家的有力庶子家之一，与伊势北畠家之间频繁联姻，两家关系是极为深厚的。
加上大河内家在多气郡、饭高郡、饭野郡、度会郡等地影响力较大，若是授予大河内具良本领安堵的处分，那么将来必然不甘心屈居于上杉家的统治之下。
为了消除大河内具良这个不稳定因素，清定便以讨取北畠晴具有功为名，将其从伊势饭高郡转封至近江爱智郡山上城，领有两万石知行地。
与此同时，橘家（鸟羽家）取代九鬼家，并在志摩一国横行霸道、耀武扬威的日子也宣告结束了。
在浦丰后守、的矢美作守、三浦新助、甲贺雅乐助、国府内膳正、佐治隆俊、和具丰前守等志摩诸将的配合，以及上杉家旗下的熊野水军众、尾张水军众、北伊势水军众、爱洲水军众从南面、北面、东面三个方向大举猛攻之下，菅岛城、答志城、田城城、波切城、千贺城等地先后被攻落。
就连追随橘宗忠的千贺志摩守、田城右马助、菅岛能登守、小久保主水助、安乐岛越中守等志摩水军众诸将也先后被上杉军所讨取。
正当上杉军准备对橘宗忠所在的鸟羽城发起猛攻之际，橘宗忠的正室九鬼御料人却派遣一名使者前往城外参阵的九鬼势阵中，表示鸟羽城愿意主动开城投降，请求九鬼嘉隆、九鬼澄隆二人出面进行斡旋，尽可能确保上杉军在接收鸟羽城后不进行滥妨狼藉之事。
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