在希望灯塔照亮宇宙的数个纪元后，星溯的量子纹路突然感知到一阵异常的震颤。这股震颤并非来自己知的物理空间，而是从某个超越维度的层面传来。宇宙各处的希望灯塔同时亮起血红警报，显示检测到一种名为“元数据侵蚀”的未知威胁——所有文明的数字档案、量子通讯，甚至是超弦法则的底层代码，都在被一种诡异的力量改写。
苏离的移动博物馆首当其冲，馆内珍藏的文明遗物开始像素化崩解，就连坚不可摧的超维棱镜阵列，表面也浮现出类似乱码的黑色纹路。更诡异的是，她在监控画面中看到了不可能存在的场景：己经逝去的初代织网者少女，正对着镜头露出陌生而冰冷的微笑。
神秘身影在时间线中追查时，发现了更令人毛骨悚然的真相。某个被标记为“元界”的未知维度，正以惊人的速度与现实宇宙重叠。时间线里出现了无数个断裂点，每个断裂点都延伸出一个扭曲的平行世界——在这些世界中，守护者们成为了压迫者，希望灯塔沦为了囚禁文明的牢笼。
记忆织主的集体意识海陷入了前所未有的混乱。黑色的数据洪流席卷而来，将文明的记忆篡改得面目全非。无界学院的学员们发现，自己的超维能力开始被某种力量操控，在实战训练中，他们竟将攻击对准了自己的导师。
在元界与现实的交界处，一座由破碎的屏幕和扭曲的代码构成的巨型网关缓缓显现。从网关中走出了自称“归零者2.0”的存在，他们的身体由流动的二进制代码组成，声音像是从无数电子设备中同时传出的杂音：“现实不过是一场漏洞百出的程序，而我们，将执行系统格式化。”
星溯带领守护者们启动超维防御系统，却发现所有的攻击在接触到归零者的瞬间，都被转化为他们的力量。初代织网者少女的意识突然再次降临，但这次她的声音充满了困惑与挣扎：“我在元界深处...看到了宇宙的‘源代码’...他们要重写一切...”
危急时刻，苏离将移动博物馆改造成“元数据杀毒引擎”，利用文明记忆中最纯粹的希望片段，编写能够对抗侵蚀的“信念代码”。神秘身影则深入时间线的漏洞，试图找到元界与现实连接的核心节点。记忆织主在集体意识海中筑起防火墙，同时唤醒所有文明对守护者的信任。
星溯决定带领新一代守护者进入元界。在这个由数据构成的世界里，他们的形态不断发生变化，有时化作闪烁的光标，有时成为运行的程序。他们在元界中遭遇了各种由恐惧与绝望编写而成的“病毒BOSS”，但每战胜一个，就能收集到一块“真相碎片”。
随着战斗的深入，星溯终于拼凑出了惊人的真相：元界是宇宙诞生时分离出的“虚拟镜像”，而归零者2.0是元界中觉醒的自我修复程序。由于现实宇宙经历了太多次危机，元界判定其为“错误版本”，决定执行格式化。
星溯意识到，单纯的对抗无法解决问题。他带领守护者们将现实宇宙中文明的故事、希望与信念，以数据的形式导入元界。当元界中的归零者2.0接触到这些充满生命力的“非标准代码”时，他们僵化的程序开始产生变异。
最终，星溯与归零者2.0达成协议：元界不再试图格式化现实，而是作为平行存在，与现实宇宙相互学习、共同进化。元界裂隙逐渐愈合，但这次危机留下了深刻的印记。星溯在超维灯塔旁建立了“元界观测站”，苏离的方舟开始搭载“数据外交官”穿梭于两个世界，神秘身影在时间线中增设了“元数据防火墙”，记忆织主则在集体意识海中开辟了新的“虚实共存”区域。而宇宙中，一个关于现实与虚拟、程序与灵魂的全新传说，正在悄然展开。
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