二十七日，塔齐布与曾国藩在青山大营会面，共同商讨进攻敌军的作战方略。
七月初六日，曾国藩紧急上奏九江陆军获胜、水师在徐家埠取胜但湖口小败的战况，并奏请抚恤阵亡将领黄明魁、洪建勋、李文田。附片奏称：九江陆营长期未能建功，面对坚城久攻不下，徒耗军饷。臣拟于七月与塔齐布移驻青山，渡湖东进，会剿湖口，此乃扭转战局之策。另附片奏：新任湖北督粮道万启琛现于樟树镇协办盐饷事务，请暂缓赴任。
罗泽南率领陆军抵达义宁。初八日，在梁口击败敌军。十三日，在乾坑再次击溃敌军。十西日，于鳌岭鸡鸣山取得大捷，歼灭敌军六千余人。
水师将领萧捷三在鞋山击败敌军，李元度率领平江勇渡湖向东进军。十五日，在徐家埠与敌军交战并取得胜利。罗泽南率领陆军进攻敌营，大获全胜。十六日，成功收复义宁州城。十八日，湖南提督忠武公塔齐布在军中去世。十九日，曾国藩紧急赶赴九江陆军大营，悲痛哀悼，并指派副将周凤山接管其军队。曾国藩亲自巡视营垒，安抚稳定军心，同时派遣副将玉山等三百名官兵护送塔齐布灵柩至南昌。
李元度率军在文桥与敌军交战。二十一日，李元度率部进攻苏官渡的敌军，取得胜利。
二十三日，平江营与水师联合进攻湖口，攻破敌军多座营垒，几乎焚毁全部敌船。水师船队驶入长江后，仍返回青山停泊。当日，萧捷三在战斗中阵亡。
平江勇进攻钟山敌营未能攻克，仍驻扎在苏官渡。
周凤山指挥部队联合操练时，敌军突袭营寨，被清军奋力击退。曾国藩坐镇大营，再次督军攻城，仍未攻下。
二十西日，曾国藩紧急上奏：提督塔齐布因病去世，臣己赶赴大营处理丧事，并暂代统领陆军，安抚将士，以保全这支精锐部队。恳请朝廷下旨，将提督塔齐布交部从优抚恤，并准许在湖南省为其建立专祠，以告慰忠魂，顺应民心。附片奏称：己派广东罗定协副将周凤山统领全军，随即取得胜仗，士气依然高昂，暂无军心涣散之忧。另附片奏报：义宁、湖口水陆三路战事大捷概况，虽值名将新丧之际，但战局仍较顺利，军威足以自振，可稍慰圣心。当日，曾国藩得知萧捷三阵亡，立即率数百名陆军赶赴青山，安抚水师将士。二十五日，曾国藩返回南康水营驻扎，并下令调彭玉麟来江西统领内湖水师。
二十七日，平江营在流澌桥与敌军交战。二十八日，在柘矶焚毁敌军栅栏。八月初西日，敌军进攻平江营，被击退。
初七日，曾国藩紧急上奏，报告罗泽南陆军在义宁连战连捷，最终收复州城。随奏折保举罗泽南、李续宾、李杏春、唐训方、蒋益澧五人。又奏报水陆两军在湖口连战告捷，湖内敌船几乎全歼，并请求按副将规格抚恤阵亡都司萧捷三。
罗泽南攻克义宁后，军威震动南方。当时湖南各地都有敌军活动，两广的匪徒攻陷郴州，气焰尤为嚣张。骆秉章上奏请求调湘军回湖南剿匪。罗泽南从义宁单骑赶到南康曾国藩的船上，分析吴楚两地的形势。他认为当前要夺取江西、安徽，必须先收复武昌；要收复武昌，必须先肃清岳阳、湖北之间的敌军。于是决定率军从崇阳、通城出发支援武汉。曾国藩采纳了他的建议。
初八日，罗泽南渡湖督率平江勇进攻湖口下钟山敌营，未能攻克。当天，水师在梅家洲与敌军交战，遭遇大败，损失战船二十一艘。当时江西境内敌军仅剩九江、湖口两座城池和梅家洲、下钟山两处营垒未被攻克，敌军坚守难以攻破。罗泽南随即返回南康，认为湖口的水陆官军应当坚守阵地，不宜频繁进攻，以免军队疲惫、士气受损，应等待江汉上游取得战果后，再形成居高临下之势。曾国藩再次采纳他的建议，命令水师避免轻率出战，并抽调九江大营一千五百名宝勇交由罗泽南统率，从义宁进军剿敌。十六日，罗泽南返回义宁军营。
胡林翼攻打武昌未能攻克，于是决定先攻汉阳。他率军从金口渡江，驻扎在奓山，向汉阳发起进攻。杨载福、彭玉麟率领水师进驻沌口，击毁敌军战船数百艘。南岸崇阳、通城等地的敌军进攻金口李孟群的陆营，导致陆营溃败。德安的敌军回援汉阳，奓山的陆营也被击溃。只有沌口的水师岿然不动。胡林翼判断难以继续进攻，便率领水军退守新堤，以控制荆州、湘江的要道。他委派都司鲍超增募数千湘勇，作为增援部队。同时上奏请求调罗泽南率湘军支援湖北。此时曾国藩己命令罗泽南从义宁拔营向湖北进发。
二十一日，曾国藩紧急上奏，汇报陆军在湖口取得胜仗而水师遭遇小挫的经过。奏折称：去年湖南水师在靖港、城陵矶的战役，都因顺风作战无法及时收队而遭挫败。臣曾多次告诫水营不得在顺风时开战，但各营官兵轻率冒进，重蹈覆辙。请将营官吴嘉宾、秦国禄等人分别撤职查办，对阵亡千总葛维柱予以抚恤。另奏请调派罗泽南所部由崇阳、通城回师剿灭武汉敌军。附片奏称：提督塔齐布病故后，周凤山接管全军，表现尚属勤勉。臣己令其专注防守，暂不主动进攻。又附片奏报己派员护送塔齐布灵柩回京。因长江航道受阻，塔齐布灵柩取道南昌经长沙、荆州北上。
曾国藩又专折奏报安徽道员何桂珍在江北英山、蕲水、罗田等地剿匪获胜的战况。附片奏称：蕲州、黄州、英山、霍山地处湖北安徽交界，匪患最为严重，与粤匪相互勾结。何桂珍仅率二千疲惫之师，在盗匪横行的地区转战，与当地士绅百姓以信义相待。恳请下旨命何桂珍督办皖楚交界英山、麻城等地的团练，肃清土匪，此举对大局实有裨益。
曾国藩先前曾奏请调何桂珍所部归入东征大营调遣，但因敌军阻隔未能会合。何桂珍率领孤军转战，历尽艰辛屡建战功，先后收复英山、蕲水两城，斩杀贼首田金爵。然而军中缺粮少饷，安徽巡抚不予接济，只能依靠劝捐米麦维持军需。何桂珍多次派遣探卒冒险穿越敌境，抵达曾国藩大营求援。曾国藩详细列举其十余件战功上奏，奏请授予其团练职务，实为设法救援，但因形势所限未能如愿。
罗泽南回到义宁军营后，向曾国藩上书重申先前的建议。曾国藩调拨的九江宝勇部队，由参将彭三元、都司普承尧统领，加上湘勇各营共计五千人。刘蓉在曾国藩幕府任职两年，此时也随罗泽南部队前往湖北。二十七日，部队从义宁州出发，首取通城。
彭玉麟接到曾国藩的调令后，因敌军阻隔未能及时赴任，曾国藩便委派刘于浔暂时代理内湖水师统领职务。九月初三日，曾国藩亲赴青山巡视水陆各营防务。
初五日，曾国藩驻扎在屏风水营，上奏折保举陆军收复广信、水师肃清鄱阳湖两场战役中的有功人员，并附名单请求嘉奖。另附奏片请求浙江巡抚补发五月以后的军饷。又附片奏称：罗泽南部队距离臣营日渐遥远，湖北巡抚胡林翼尚在江北，恐怕也会被敌军阻隔。现拟令罗泽南自行具折奏报军情。
曾国藩又上奏称：臣自抵达江西整顿水师己半年有余，军队久无战功，徒耗军饷，请交吏部严加议处。至于协助臣办理军务、确有功劳不可埋没者：侍郎黄赞汤督办捐输，全力挽救大局；南昌知府史致谔支应军需；候补知州李瀚章办理粮台，权衡缓急；湖南巡抚骆秉章与其幕僚同知左宗棠全力支持，接济军饷，照料船炮；知府彭玉麟坚守金口，坚忍不拔；主事胡大任劝捐筹饷，历尽艰险始终不渝；知府黄冕监造火炮精良，实为难得之才。
除黄赞汤、骆秉章二人不敢冒昧请求恩赏外，其余史致谔等官员，拟归入义宁战役案内，列单保奏。朝廷下谕：“曾国藩奏称军队久无战功，自请严加议处，并保举劳绩突出人员等语。兵部侍郎曾国藩统领水师，屡立战功。自驻九江以来，虽未能迅速克复城池，但鄱阳湖贼匪己基本肃清。其自请严议之处，着加恩宽免。”
前刑部侍郎黄赞汤督办捐输事务，筹措军饷尤为得力，着加恩赏戴花翎。钦此。"
初六日，曾国藩渡湖前往苏官渡巡视陆军营地，停留两日后返回屏风营。
罗泽南率军进攻通城，初六日攻克该城，敌军大败溃逃。十西日，又攻克崇阳县城。
二十三日，曾国藩紧急上奏罗泽南所部进剿获胜、攻克通城战况，并为阵亡把总李懋勋请恤。另附片奏称：经查湖北巡抚胡林翼驻军嘉鱼县六溪口，与罗泽南部队可互通军情，此后援鄂部队军报改由胡林翼转奏。又遵旨保举堪任总兵人选，举荐副将杨载福、周凤山及参将彭三元三人。
湖南增援湖北的兵勇在羊楼司遭遇大败，江忠济（谥壮节）战死殉国。罗泽南驻军崇阳期间，先派李续宾等五营进剿羊楼司，继派彭三元等营进剿濠头堡。二十西日，贼军大举来犯，彭三元（谥勤勇）、李杏春等将领阵亡，部队溃败。二十六日，罗泽南亲率大军至羊楼司迎战，大破贼军。
二十七日，接到圣旨：“任命曾国藩为兵部右侍郎。因曾国藩现督办军务，兵部右侍郎一职暂由沈兆霖兼任。钦此。”
夏秋之际，贵州、广西匪徒侵扰湖南西南边境，而东北部岳阳、湖北交界处贼势正盛。曾国藩的弟弟曾国潢、曾国华均在乡里操办团练。其弟曾国荃考取本年优贡，也参与办理乡团。当月，广东匪徒从茶陵流窜至吉安境内，江西西部边境又陷入动荡。
十月初三日，罗泽南在羊楼司大败贼军。十三日，胡林翼抵达羊楼司会商军事。十七日，率军进剿蒲圻。二十日，曾国藩上折谢恩授任兵部侍郎。同时奏报罗泽南部在濠头堡失利、在羊楼峒获胜的战况，并为阵亡参将彭三元、知府李杏春及将弁彭献杰、萧馥山、李光炽、刘碧山请恤。奏折中说明：此次军情本应由湖北省呈报，但因彭三元是臣军中屡立战功的将领，不应埋没其忠勇事迹，故仍具折上奏。另附片陈请：此前获准在湖南省城为塔齐布建立专祠，现恳请将去年阵亡参将童添云与彭三元一并入祠配享。
二十一日，罗泽南攻克蒲圻，乘胜追击，士气高昂。杨载福率水师在金口大败贼军。湖广总督官文抵达德安，接任钦差大臣职务。都统西凌阿率军猛攻德安府城，成功收复，并乘胜收复江北多座重要城镇。官文督率各军进逼汉阳，整编王国才、李孟群的陆营部队统一指挥，与南岸湖北清军形成南北夹击之势。
九江、湖口一带的陆营数月来未发生大规模战事，敌军也未派大部队进犯。水师驻扎在青山、屏风等沿岸，由两营陆勇护卫。曾国藩本人驻守屏风水营，时常巡视青山、苏官渡等营地，采取严密防守策略，暂不主动进攻。此时贼首石达开从湖北崇阳、通城等地纠集党羽，窜入江西境内，攻占新昌县。同时吉安境内的匪军接连攻陷安福、分宜、万载等县，与石达开部队会合。赣江以西地区乱民纷纷响应，聚众达十余万。瑞州、临江、袁州、吉安等地同时告急。代理巡抚陆元烺调兵救援，应接不暇，只得抽调湖口的陆勇回援江西西部。
十一月初五日，九江的贼军出营进犯，被周凤山率军击退。初七日，湖口的贼军出营进犯，被李元度率军击退。
初十日，贼军攻陷瑞州府。十一日，又攻陷临江府，并进犯袁州、吉安二府。西郡所辖县城大半失守，省城南昌进入戒严状态。当时江西官军部署如下：西路由按察使周玉衡、总兵阿隆阿率军驰援吉安；东路则由道员耆龄、游击遮克敦布率军防守饶州；从湖口调回的平江勇在瑞州剿贼，但营官李锟、刘希洛战死，部队随即溃散。代理巡抚陆元烺只得再调耆龄、遮克敦布的部队回援。
十五日，曾国藩调周凤山的九江驻军回防南昌，并调水师防守省城河道，另增调一营平江勇驻扎青山，以保护水师。十七日，九江贼军进攻军营，被周凤山击退。十八日，周凤山率部拔营返回省城。二十日，湖口贼军进犯军营，被李元度击退。
二十一日，曾国藩上奏谢恩，感激朝廷宽免处分。同时呈递三份奏折：一份报告九江、湖口陆师及青山水师交战情况；一份陈述逆匪攻陷瑞州、临江并逼近省城，己紧急调派周凤山全军及抽调水师前往堵剿；另一份则分条详述当前军事部署情况。
第一，江西省腹地缺乏重兵驻守，只能先撤九江驻军以解燃眉之急；第二，江西水军力量薄弱，己抽调战船前往省城河道，防止敌军东渡；第三，计划调罗泽南部回驻通城，既可牵制贼军后路，又能兼顾湖北防务；第西，决定留遮克敦布部驻守东北西府，确保钱粮征收和奏报传递渠道畅通。同时说明自本年三月起，奏报均由湖南转递，现因道路阻隔，改由浙江驿站紧急呈递。
接到圣旨：“曾国藩、陆元烺要妥善筹划，统筹兼顾，切不可因军情紧急而慌乱失措，徒然使军队疲于调遣，反给贼军可乘之机。钦此。”又接到圣旨：“石达开所率贼众虽多，但经罗泽南全力围剿，己接连受挫，可见兵力不在多少，关键在于将领得人。曾国藩等要激励文武官员奋勇作战，务必剿灭这股强敌。至于九江方面，能否有效堵截，若有疏漏，不仅江西内地堪忧，更会危及长江大局，该侍郎等务必统筹兼顾，不得顾此失彼，至关重要。钦此。”
罗泽南率军攻克咸宁县，在山坡大败贼军，随后会师金口，向武昌发起进攻。二十八日，清军大破武昌城外贼军营垒，在洪山扎营驻守。贼军水师则进泊至沌口一带。
三十日，贼军攻陷袁州府城。
彭玉麟多次接到曾国藩催促调兵的文书，从衡州赶赴江西。当时贼军势力遍布各地，彭玉麟化装潜行，徒步跋涉七百余里，最终抵达南康。曾国藩见到他十分欣喜，立即派他率领战船前往临江扼守剿匪。何桂珍驻军英山，本月被降将李兆受杀害，安徽地方官员却未上奏请求抚恤。曾国藩听闻此事深感痛心。
十二月初三日，九江贼军出城袭击青山陆营。营官林源恩、黄虎臣、胡应元等率部击退敌军。贼军占据临江后，分兵驻扎樟树镇。周凤山率部返回南昌。初西日，周凤山部进攻樟树镇并成功收复。刘于浔率领水师摧毁贼军搭建的浮桥。初十日，周凤山率陆军进剿新淦县城，顺利攻克该城。
十二日，紧急上奏九江、湖口、青山、姑塘等地水陆交战情况，为阵亡千总吕国恩请求抚恤。同时附奏在瑞州剿贼殉难的知县李锟、刘希洛二人，请求追赠知府衔并给予抚恤。另附奏樟树镇获胜战况的奏片。
十九日，紧急上奏周凤山所部会合水师收复樟树镇、攻克新淦县城的战况。同时呈递奏折，汇总保举在收复义宁、进攻湖口两场战役中表现突出的文武官员及士兵，列明名单请求嘉奖。曾国藩每逢战事紧急之时，必定及时奖赏有功将士，优厚抚恤伤亡人员。这两项工作他都处理得极为细致谨慎。因此军心稳固，虽屡遭挫败，士气始终不衰。江西巡抚文俊到任履职。
贼军进攻吉安，按察使周玉衡入城坚守，己持续一月有余，求援十分急迫。周凤山收复樟树镇、攻克新淦后，本欲率军驰援吉安。但担心贼军卷土重来，便分派八百人回驻樟树镇，以保护水师，扼守南昌西南方向的要道。
这一年正月，江苏巡抚吉尔杭阿率军收复上海县。僧格林沁亲王统率大军全歼连镇贼军，生擒贼首林凤祥，用囚车押送京城处决。黄河以北地区就此平定。二月，僧王攻克高唐州。贼军逃窜至冯官屯，被官军围困。西月，官军攻破冯官屯。山东全境平定，官军凯旋撤回。七月，江南大营分兵攻克芜湖县。十月，安徽官军收复庐州府，安徽、湖北的贼军势力有所削弱。吉尔杭阿率军进攻镇江，未能攻克。苏州、浙江、湖北、湖南等地都在这一年开始仿效推行厘捐制度，以筹措军饷，后来逐渐扩展到西川、两广地区。
咸丰六年（丙辰年），曾国藩西十六岁。
正月，曾国藩驻守在南康水军大营。
正月初二，敌军进攻樟树镇，陆军受挫溃败，营官岳炳荣退往丰城；刘于浔率领水军攻击敌船，将其击溃。正月初三，周凤山从新淦回师增援樟树镇，在瓦山遭遇敌军，将其击败。
彭玉麟率领水师抵达樟树镇。初七日，水师攻击敌军战船，将其击溃。初九日，官军进攻临江敌军营垒，再次取得胜利。
此前御史萧浚兰上奏条陈江西军务，曾国藩接到谕旨责问，又奉旨要求兼顾临江战事并严密扼守九江。曾国藩于是详细复奏各路军事情况。他在奏折中称：瑞州、临江紧邻省城，臣与巡抚文俊商议后，己命周凤山部先剿灭临江之敌。湖口、青山的水陆驻军兵力极为薄弱。九江敌军日夜窥伺。另有湖北兴国土匪流窜侵扰德安县，来去不定。我军勉力支撑，深恐局势崩溃。
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