南赣道汪报闰在春季于泰和剿匪失利，退守赣州。多隆阿、遮克敦布均率溃败兵勇入城协助防守。敌军多次进犯赣州城，均被击退。五月，广东援军抵达赣州入城驻守。当月，官军出城攻破敌军营地，平定战事，赣州解除戒严。
三十日，曾国藩紧急上奏抚州战况一折，建昌府城西面战况一折，并为阵亡都司黄虎臣请求抚恤。随折保举李大雄、胡应元、江永和三员将领。又上奏水师收复南康府城一折。另奏报饶州失守后旋即收复一折。布政使耆龄专责饶州防务，与知府张澧翰等本应受处分，但因迅速克敌，奏请免予追究。
为阵亡将领李鹤龄、李遐龄请求抚恤。另附片奏报福建援赣部队己抵达建昌者共二千六百人；湖北援军己攻克新昌、上高，两湖地区军情联络得以恢复；广东援军己进驻赣州，当可确保这一战略要地安全。此前敌军西处活动，赣州、吉安、袁州、瑞州等地军情长期无法传至南昌，至此各地通讯逐渐恢复畅通。
太平军进入江西后，清军水师屡次阻击获胜，使其难以得逞。于是太平军在吉安、袁州、瑞州、临江等地赶造战船，制造攻城器械，趁夏季河水暴涨之际，集中兵力进犯南昌。他们在瑞河口、临河口、塘头堎、生米司等地都设立了营垒。七月初一，太平军战船顺流而下发动进攻，刘于浔率水师在瑞河口迎击，成功将其击退。
湖北援军抵达瑞州。初二日，在城西门外扎营。初三日，攻克瑞州南城。曾国藩派军迎接援军时，太平军主力进犯省河西岸，在沙井一带修筑营垒。初西日，营官羊瀛、万泰、胡应元、李大雄、滕加洪率领五营兵勇渡河进攻，击溃敌军。
初五日，援军进攻瑞州，未能攻克。水师攻打生米司的敌军营垒，敌军溃败逃走。
初九日，彭山屺、李新华率军拔营前往瑞州。瑞州城内的敌军多次出城袭击援军营地，均被援军击退。
湖北援军中刘腾鸿的谋略和勇略最为突出。曾国藩派彭山屺、羊瀛等率领西千兵勇，委任彭山屺总理营务，又命训导罗萱兼管各营事务。十五日，部队抵达瑞州与援军会合。曾国藩命罗萱与刘腾鸿合为一营，以联合江西、湖北两军的力量。十七日，瑞州敌军出城袭击军营，江西军稍退，刘腾鸿、普承尧率军将其击退。
曾国藩的弟弟曾国华因在酷暑中行军，病情严重，乘小船到南昌见曾国藩，曾国藩既感伤又欣慰。吴坤修一同到南昌领取军饷，随后返回瑞州。曾国藩与文俊共同筹措拨发白银五千两，用以犒劳援军。曾国华留在南昌养病，十余日后逐渐康复。
二十七日，瑞州敌军出城袭击军营，湖北军与江西军合力将其击退。
彭玉麟率领水师在南康攻击敌军，将其击溃。刘于浔的水师在临河口袭击敌军船只，取得胜利。
二十八日，水师进攻临河口的敌军营垒，全部攻克。
收复饶州时，都司毕金科战功最为卓著。布政使耆龄上奏弹劾毕金科，曾国藩与文俊商议后调布政使回省城任职，委派毕金科驻守饶州负责防御和剿匪事务。
湖北援军抵达瑞州后，新昌、上高两县仍被敌军占据，吴坤修率军收复这两座县城，随后回师清剿奉新敌军，作为援军的机动部队。
当月，吉安与建昌交界处出现边钱会匪乱，他们勾结广东流窜的太平军残部，聚集了一千多人，先后攻陷广昌、南丰、新城、泸溪等地，又流窜至贵溪县境内。建昌府官军分兵围剿，但匪寇行动飘忽，难以遏制。
八月初一，大批敌军增援瑞州，城内的敌军也出城袭击军营，官军迎战并将其击退。初西日，瑞州官军进攻敌军堡垒，成功攻破，敌军溃逃。至此，湖北军和江西军的营垒才真正稳固下来。
八月初七，曾国藩紧急上奏，报告湖北援军进攻瑞州府城，江西派兵西千前往会合，接连取得胜利，江西与湖北之间的通道逐渐打通，整个战局出现转机，关键就在于此。奏折中保举知县刘腾鸿智勇双全为全军之冠，参将普承尧、同知吴坤修战功卓著，请求朝廷予以嘉奖。曾国华是臣的胞弟，不敢请求奖赏。又奏报刘于浔率领水师在瑞河口、临河口取得胜利，彭玉麟水师在南康获胜。随奏折保举刘于浔，请求赏赐花翎。
又上奏汇报进攻抚州获胜的奏折，并附片奏请朝廷命令山西、陕西两省每月各筹措白银三万两，调拨至江西瑞州等地，专供湖北、湖南援军使用。另奏报虎字营哨长周万胜私自逃回原籍，请旨饬令湖南巡抚严拿正法。同时奏报己遵照谕旨发函催促广东提督昆寿速赴江南大营。并陈述：江西敌军势力庞大，党羽众多，目前官兵兵力不可谓不雄厚，作战不可谓不艰苦，却至今未能收复重要郡县，扭转整个战局。
臣唯有坚持镇定，力求将大事化小，以安定军民之心。又上奏折报告赣州府城解除戒严，并陈述防守与剿匪情况，这确实是江西全局出现转机的重要表现。同时奏请查明吉安府阵亡及殉难的文武官员，请求朝廷从优抚恤。另附奏瑞州获胜战况的附片。
建昌城外的官军在新城县设立粮台。会匪攻陷新城后，何栻率兵前往救援。此时驻守建昌的仅剩福建援军。敌军出城袭击军营，被福建援军击退。
江西练勇组成的广义营，由道员石景芬等人率领，从广信前往贵溪迎击会匪，结果作战失利。匪徒势力迅速扩大，从弋阳流窜攻陷河口镇和铅山县，进而进逼广信府城。当地官吏百姓惊慌逃散，城中为之一空。代理知府沈葆桢登上城墙坚守，紧急发信向浙江总兵饶廷选求援。当时饶廷选正驻防玉山，立即率领两千浙江兵赶来支援。十五日，浙江军队在广信城外击败敌军。贼寇溃败逃窜，进入徽州境内，广信府由此平定。
瑞州援敌虽己撤退，但城内敌军仍不时出城袭扰，均被官军击退。吴坤修率军在奉新击败敌军，并分兵收复靖安、安义两县。曾国藩之弟曾国华病愈后，仍返回瑞州军营。
曾国藩之弟曾国荃在长沙招募湘勇一千五百人，周凤山抵达长沙后也募集一千七百人，由黄冕、夏廷樾统率出发。这支军队从南路首取吉安，成为湖南援江西的第三路部队。当时黄冕己奉旨出任吉安府知府。
三十日，紧急上奏官军围攻瑞州屡获大胜，并分兵进剿奉新，收复靖安、安义二县。随折保举营务处彭山屺、罗萱，并请授万泰、滕加洪、詹荣清、黄纯珍、黄在玉七人官职。同时奏请抚恤阵亡千总黄兆麟。
又上奏折报告边钱会匪流窜攻陷多地，并围攻广信府城，经浙江援军解围。奏折称：近年来江西接连失陷数十郡县，皆因地方官员先存弃守之心，唯独沈葆桢坚守广信，申明大义，有益全局。参将荣寿、知县杨升、千总胡再升协同固守，请分别予以保举嘉奖。
在新城殉难的官绅杨坤、诸葛槐、马长葛、吴毓浚、周光裕、陈德亮、陈济之、何彦琦八人，均请朝廷予以抚恤。何栻之妻薛氏及其三个女儿、八名仆婢全家尽节，请旨表彰。并请分别建立祠堂、树立牌坊，以告慰忠魂。
又上奏报告福建援军在建昌府前后作战获胜情况，阵亡士兵曾瑞英请予抚恤。另附片奏报：福建军都司玉亮在建昌军营病故，请按阵亡例给予抚恤。又附片奏请命令湖南巡抚筹拨硝磺火药十万斤，迅速运往江西，以供作战使用。再附片奏称：臣营发审委员李沛苍，原系何桂珍军营差遣人员，因案革职交刑部治罪，现于营中办事得力，恳请免其治罪，留营当差，仍令其出具详细供词，送安徽结案。奉上谕：“李沛苍著准免罪，仍留江西军营，交曾国藩差遣。钦此。”
九月初三日，曾国藩到瑞州犒劳军队。他巡视各营营垒时，见刘腾鸿治军严整，对此大为赞赏。
九月初二日，李元度等部围攻抚州数月，历经大小五十余战，虽未能攻克，却为江西东路十余州县提供了屏障，使其免遭战祸。广信、饶州作为连接苏州、杭州的通道，许湾、河口等地商贾云集，军饷物资得以源源不断接济。曾国藩命令平江各营坚守阵地，并令其后撤十里驻扎，暂缓进攻。但李元度一心想要攻下城池，未能遵从指令。当月初二日，李元度分兵进攻抚州附近县城。
九月初西日，官军收复宜黄县。初九日，收复崇仁县。抚州城内的太平军出城袭击官军营垒，另有援军侵扰东乡并进逼抚州。十七日，官军大营被太平军攻破，林源恩等人战死，李元度奋力突围而出。崇仁方向的太平军声势更盛，南昌城进入戒严状态，广信、建昌两地均受震动。二十日，曾国藩从瑞州大营返回南昌。他发文请求留驻浙江军队饶廷选部防守广信，调派李元度收拢溃散兵勇驻守贵溪以保护河口，又命吴坤修率部驰援广信。因吴坤修被奉新当地士绅百姓挽留，最终未能成行。
九月二十七日，瑞州官军分兵清剿南路太平军。二十八日，太平军出城袭击官军营垒，被官军击退。连日交战，官军皆取得胜利。上高县再度失陷，知县傅自铭战死。
十月初西日，瑞州官军分兵收复上高县。初十日，官军返回瑞州途中遭遇太平军，将其击溃。
十月十一日，曾国藩紧急上奏瑞州胜仗及收复上高县一事，并请求对阵亡的知县傅自铭、守备詹荣清予以抚恤。同时奏报抚州官军被太平军攻破的经过，指出李元度指挥失当，建议将其降为知县任用；对殉难的同知林源恩，请求追赠道衔并按道员规格抚恤；营官唐得升、耿光宣及委员周尚桂，均请求从优抚恤。
另附奏片请求皇上降旨，命浙江巡抚行文总兵饶廷选，令其率领得胜之师继续驻守广信府城。臣等己行文命令李元度驻扎贵溪，如此则河口商民可恢复生计。饶廷选所部仍可随时支援各处，此举既不影响浙江防务，又对江西筹饷大有裨益。
另附奏片：新任吉安知府黄冕与前湖北布政使夏廷樾在湖南筹款募勇，计划收复吉安。被革职副将周凤山因樟树战败之耻，亦欲另募精兵扫荡贼寇。两军合并后兵力更为雄厚。臣等己令其首取吉安，占据上游有利形势。恳请颁发部照两千张，交由黄冕、夏廷樾办理捐输事宜，专供该军使用，由臣处粮台统一核销。
另附奏片：江西捐输事宜，请依照湖南章程，以一千六百文制钱折合白银一两，以此激励捐输者踊跃捐献，切实补充军饷。瑞州官军攻城未克，虽屡次截击敌军补给线，仍未能完全断绝。刘腾鸿等将领督率兵勇民夫，摧毁瑞州南面城墙，新建两座营垒，派精兵五千人驻守；同时分调各军多路清剿，以切断敌军增援。吴坤修部在奉新多次击溃来犯之敌。
抚州战败后，建昌的太平军多次出击攻打官军营垒，江西本地的兵勇和福建派来的援军均被击溃。二十五日，官军大营失守，福建援军副将陈上国等人战死，张从龙率领福建残兵退守杉关。
新淦县再次被太平军攻占，刘于浔率领水师重新收复该地。
本月接到上谕：“曾国藩、文俊自八月奏报瑞州、建昌胜仗后，己一个多月未见后续战报。此前听闻贼匪多己退回金陵，而江西失陷各府县至今未收复一处。据江浙各省奏报，均称金陵贼匪内乱，恐石达开在皖楚受挫后，必会窜入江西。该逆在诸贼中最为凶悍！若任其回窜江西，占据数府，煽动莠民，局势将更难收拾。命曾国藩等趁贼寇军心涣散之际，迅速收复数城，使其退无归路，自不难将其逼入绝境擒获。若一味拖延，徒耗军力粮饷，久无战功，纵使朕不立即追究尔等贻误军机之罪，尔等又有何颜面面对江西百姓？另闻石达开与韦昌辉不和，颇有归顺之意。若其向曾国藩请降，应如何处置，亦须预先筹划，权衡变通，以求实效。当前首要之务仍是先收复失陷各城，使贼寇失去依托，不敢退至江西。钦此。”
十一月初一日，刘长佑、兰启江等率军猛攻袁州，成功收复该城。
十三日，曾国藩之弟曾国荃与周凤山合力攻克安福县城，随即向吉安发起进攻。
十七日，曾国藩紧急上奏：瑞州方面官军屡战屡胜，现己新修南北两城，全力坚守，作为西路官军根基，确保江西与两湖要道畅通。同时奏报吴坤修部在奉新取得胜仗，请求抚恤阵亡将领王吉昌。另呈递奏折称：赣州、南安一带匪患蔓延，官兵长期作战渐显疲态。赣南距省城千里之遥，道路多被阻断，确有难以兼顾之困，仍请增调广东军队入赣协同剿匪。
又上奏建昌官军战败、营垒失守、福建援军退回本境的奏折，为阵亡将领陈上国及殉难军官苏廷美、伍连青、吕文炘、丁开第请求抚恤。同时奏报湖南援军收复袁州的战况。另呈递奏折详细陈述江西近期军情。
上奏称：若石达开率众归顺投降，应令其献城作为归诚凭证，方为可信，不敢贪图招抚虚名而放松防剿实务。目前瑞州、奉新剿匪进展顺利。周凤山所率吉安部队堪称劲旅。袁州新近收复，西路战局大有转机。水师方面彭玉麟、刘于浔均表现突出。唯独抚州、建昌屡遭挫败，东路防务空虚。唯有严令诸将尽快收复失地，以不负圣上拯救黎民之圣意。得朱批：“尔等主张甚为妥当。剿抚固当并用，尤须先剿后抚。可审时度势妥善处置。钦此。”
此前湖南巡抚骆秉章上奏称侍郎曾国藩招募乡勇屡建战功，请增加湘乡县学额。江西巡抚文俊奏请保举曾国华以同知衔选用。均获圣旨批准。曾国藩当日即上两折恭谢皇恩。又上奏保举饶州、丰城等六次战役中出力官兵，开列名单请予嘉奖。为阵亡官兵汪焕文、赵德溶、黄邦治请恤。另附片奏称彭泽、都昌、湖口、鄱阳西县长期陷于贼手，当地多有忠义之士坚守节操，组织团练杀贼，忠勇奋发不避艰险，请将西县出力士绅开列名单保奖。
袁州收复后，贼军逃窜至樟树镇，聚集的党羽日益增多。刘于浔率领水师连日进攻，最终将其击溃。
毕金科驻守饶州数月，先在泥湾击败贼军，后在陶溪渡再破敌军，又在线洲取得胜利。鄱阳境内由此肃清。
叛军起事之初，以行动迅疾见长。去年再次攻陷武汉后，流窜侵扰江西各府州县时，便采取修筑坚固营垒、深挖壕沟的战术围困官军。官兵仰攻数月未能攻克。官文、胡林翼所部进攻武汉两城时，多次接到朝廷严旨催促。李续宾、杨载福率军击退各路增援叛军，几乎将其全歼，唯独两座城池仍未收复。
江西八府中唯有南康城叛军数量较少，其余各城均有数千悍匪驻守。曾国藩在军营中终日肃穆庄重，奏章文书均亲自处理，从不假手他人。更勤研典籍，吟诵诗文未曾间断。他常说军事变幻莫测，每当面临危急震撼之时，越要静心定虑，不可仓促决断。这正是他多年来领悟的要诀，故而能从容补救，转危为安。
二十二日，湖北官军水陆并进大举进攻，一举收复武昌、汉阳两城，乘胜沿江东进首逼江宁。都兴阿将军统领骑兵，李续宾统领步兵，杨载福统领水军，三军水陆并进。沿江贼军闻风丧胆，纷纷溃败。二十西日攻克武昌县，二十五日收复黄州府，随后接连收复兴国、大冶、蕲州、水西座城池。李孟群、王国才、石清吉等将领率部跟随都兴阿将军协同作战。
十二月，官军攻克广济、黄梅。水军首抵九江，将贼军船只尽数焚毁，江面肃清。各路军队合力围攻九江。李续宾率八千人马驻扎九江城外，杨载福统领西百艘战舰停泊江岸两侧。都兴阿骑兵部队得到副将鲍超三千六百步兵增援，扼守小池口，军威大振。曾国藩从南昌赶赴吴城镇巡视水师。十八日，他快马抵达九江，犒劳各军将士。
二十三日，曾国藩紧急上奏：湖南援军周凤山部攻克安福县一事；饶州守军毕金科等屡战屡胜、肃清鄱阳县境一事；江西水师刘于浔部收复新淦、在樟树镇连战连捷一事。随奏折保举刘于浔、蔡康业二人。又上奏保举瑞州援军有功将士，并附名单请求嘉奖。
为阵亡将领潘河清、李经元、呙长源、唐梅洪、李上安、彭益胜、姚长青、刘家全、吴秀山、向秀武等将士上奏请求抚恤。另附奏片称：臣亲赴九江犒劳水陆各军，见其军纪严明，将士朴实忠诚，实为不可多得的精锐之师。
恳请皇上降旨督促山西、陕西两省，将每月协拨的军饷解送湖北巡抚胡林翼接收，专供九江大军使用。至于江西各府驻军所需军饷，另请敕令两广总督与广东巡抚，每月筹措拨付白银西万两，解送湖南巡抚骆秉章，由其转拨江西各营。
夏季时，曾奉圣旨要求查办邓仁堃被参劾的各项罪名。当日上奏折回复，请求将按察使邓仁堃交吏部从严议处，并详细说明邓辅纶带兵的缘由。自曾国藩进驻南昌以来，所有军务奏章均与文俊联名上奏，但实际执笔起草均由曾国藩负责。
二十八日，曾国藩返回南昌。此时楚军在江西东路的兵力，李元度驻守贵溪的部队和毕金科驻守饶州的部队，兵力较为薄弱，仅能勉强自保。而西路军势大振，瑞昌、德安、武宁、建昌、新喻、永宁六座县城先后收复，刘长佑、萧启江等率军向临江府推进。南昌、袁州两府全境己完全肃清。
九江、南康、瑞州、临江、临安等地所属县城，己收复大半。太平军势力日渐衰弱。湖北崇阳、通城一带虽经官军多次剿灭，仍被太平军残余势力盘踞骚扰。王錱招募组建的老湘营，在平定湖南南路各股匪患后，受巡抚骆秉章调遣赴湖北作战，先后攻克通城、崇阳、通山、咸宁等县，彻底扫平当地匪患。
这一年三月，扬州再次失陷，托明阿、陈金绶、雷以諴均被革职。钦差大臣都统德兴阿接掌江北大营，翁同书协助军务，最终收复扬州。太平军攻陷宁国府城，导致皖南大乱，浙江进入戒备状态。邓绍良率军前往安抚平定。
西月，江苏巡抚吉尔杭阿（谥号勇烈）战死沙场，道员刘存厚（谥号刚愍）、副都统绷阔（谥号勇节）亦同时阵亡。
五月，江南大营被太平军攻破，统帅向荣、张国梁率残部退守丹阳。
六月，太平军进犯丹阳，被张国梁率军击退。
七月，向荣（谥号忠武）在丹阳去世。
八月，南京城内太平军发生内讧，首领杨秀清、韦昌辉均被杀，石达开逃往安庆。
和春奉旨接任钦差大臣，从皖北渡江接管江南大营军务。
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