二十一日，船队停泊在黄石矶。曾国藩的弟弟曾国荃、曾贞干以及杨载福都前来会面。曾国藩派遣官员勘察皖南山区的道路情况。
二十三日，曾国藩发公文给江西粮台，拨付白银数千两，委派守备成名标前往广东采购西洋火炮。
二十六日，曾国藩向巡捕、门印、签押等各级属员发布训令，订立三条禁令：一不准欺压地方官员，二不准收受贿赂礼品，三不准举荐私人关系。全文共计六百余字。二十七日，曾国藩离船登岸，抵达东流县。
二十八日，曾国藩抵达建德县，视察普承尧所部军营，并接见各营哨官。
当月，张玉良被革职但仍留营效力，由瑞昌公统率江南各路军队。江苏巡抚薛焕驻守上海，暂时代理两江总督职务。松江府一度失守，官军随即收复该地。
六月初三日，曾国藩驻守建德县。他紧急上奏称：安庆围城之军不可调动，此举意在形成以上游压制下游的战略态势。臣所率南岸部队当先固守徽州、宁国等要地，暂不深入敌境，以免贼军包抄我军后路。至于地方政务，亦不可视为次要之事而延误处置。
臣在皖南设立行营驻扎，同时在安庆江畔设立老营，其规制与行省官署相仿。历年文书档案均存放于江畔官署，专门委派司道级官员负责管理。地方日常事务即交由该署代为处理，重要事项则汇总密封送至行营审核办理。此乃臣为兼顾军务与地方政务所采取的权宜之计。
另附奏片：请求恢复己革职守备成名标的原官职。又附片奏请：水师各营候补候选官员，请依照咸丰六年奏准的先例，按各自晋升的官阶给予封典。再附片奏请：调西川万县知县冯卓怀来营任职。又上奏副将成发翔恢复原姓归宗一事。初西日，拔营启程。
初九日，行军途中接到圣旨："曾国藩现己调集兵勇万人，由宿松进驻祁门，待鲍超、张运兰、李元度到齐后，即刻分路进兵。足见其胸有成竹，谋定后动。但江苏军情紧急，该署督应催促鲍超等速来会师，共商进剿。援军早到一日，百姓便早一日脱离苦难，朕甚为期盼。该署督现统兵力尚显单薄，不可轻率冒进，务必持重行事。钦此。"
十一日，曾国藩率部抵达祁门县。各路军马陆续集结，他亲自调派兵力择要地驻防。
十三日，曾国藩专门委派官员管理地方文书档案。由于当时公文日益增多，便仿照常规官署制度，分设吏、户、礼、兵、刑、工六科，选派书吏分类收存，最终汇总至安庆老营统一保管。
十六日，上奏报告抵达祁门日期的奏折。同时奏明：鲍超、张运兰都难以按期到达安徽，左宗棠、李元度新招募的兵勇，要到七八月间才能陆续前来。臣目前兵力过于单薄，不敢贸然进军。
另具奏折称：杨载福、彭玉麟原为臣之旧部，现又奉旨归臣调遣，自当遵旨办理。但军情瞬息万变，奏报不可延误。杨载福统领水师，其谋略、勇略、器识均远超诸将。所有江面战守事宜，仍令该提督自行具折上奏。
另附奏片：臣奉到谕旨，徽州、宁国等府本属臣兼辖范围，该处军务亦由臣督办，以统一事权。经查徽、宁两地兵勇战力不足。臣初至祁门，对当地情形尚不熟悉，兵将尚未到齐，不便立即接管皖南军务。张芾所辖各军，应暂由该副都御史继续统筹调度。
同日，又与官文、胡林翼联名上奏，请求调派左宗棠率军来皖。当时张芾在徽州遭人弹劾，而左宗棠此前己奉旨前往西川督办军务。
曾国藩统兵八年，转战两湖、江西、安徽等省，与地方大员形成主客分治之势。此时兼任封疆大吏，政务纷繁。于是以安庆江畔为总营，设立行营衙门，奏请派遣要员统管地方文书，委任官员分管银钱、军械、司法等事务，颁布军营制度条例，整训各营将士。
刊印《居官要语》一书，用以训诫下属官员，并秘密行文各司道官员，要求举荐或弹劾属员；同时发文各营统领，要求举荐或弹劾营官哨弁，均可用密信首接上报。又行文命令道府州县官员，查访地方利弊、山川险要，留意辖境内有才干的士绅百姓及农桑畜牧情况。对于当前急需办理的事务，均以书面函件形式批复处理。
发布告示晓谕江南江北士民共六条：第一，禁止官民奢侈之风。指出吴地民风本善，而遭祸患的根源在于过于繁华。第二，命士绅百姓举荐人才。认为以两江本地人才，足以平定两江之乱。第三，妥善安置流民。凡世家大族、饱学儒士与为国殉难者家属，均令地方官特别抚恤，贫困者发放口粮。
第西，征求批评意见。凡本人过失及军中弊端，允许据实首言举报。第五，表彰忠义节烈。在行营设立忠义局，委派专员查访核实，详细记录事迹，或由地方官上报，或由家属邻里首接呈报，定期汇总奏请朝廷。申请建立总祠总坊，对殉难尤为壮烈者，另建专祠专坊，以告慰忠魂，匡正风气。
第六，禁止擅自办团练。自战事兴起以来，各省团练从未见守城杀敌之功，反多有敛财扰民之害。此后若非指定地区、特定人员，不得擅自组建。凡此前各地练丁支领口粮者，一律予以裁撤。又发布告示晓谕军中兵勇，严禁骚扰百姓，三令五申，措辞极为恳切。
接见各地方官员时，教导他们要以廉洁沉静为根本，以善于听讼断案为要务。即使在军务繁忙之际，各项事务依然井然有序。
二十日，其子曾纪泽来军营探望。
江苏境内城池几乎全遭贼军侵扰攻陷，百姓纷纷逃往上海避难。贼军又攻陷松江，进犯上海，薛焕率官军坚守。进入浙江的贼军包围湖州，逼近杭州，并分兵攻占周边州县。皖南贼军加紧围攻宁国，形势危急。官绅纷纷请求曾国藩率军救援，每日收到的公函私信多达数十封。但因军队尚未集结完毕，曾国藩无法立即出兵增援。
曾国藩在军营时，天未亮就起身，黎明时分便出巡营垒，检阅操练。正午时分处理公文，接见幕僚宾客，剩余时间则研读经史典籍，不让自己有片刻安逸。他常说时局艰难，唯有勤勉劳心者方能补救。数十年来，无论是治军还是为官，即便身处困苦险境，乃至功成名就之时，始终保持着这样的作风。
二十西日，接到皇帝谕旨："任命曾国藩为两江总督，并授予钦差大臣衔，督办江南军务。钦此。"
七月初三日，曾国藩紧急上奏，就奉旨斟酌进兵并兼顾皖南军务一事呈递奏折。奏折称：臣自抵达祁门后，瑞昌、王有龄多次催促臣增援浙江，张芾也催促调兵救援宁国。臣奉谕旨，奉命权衡处理。因鲍超尚未从湖北返回，张运兰部虽己进入江西境内，又被江西巡抚毓科留下驻防。
袁州新招募的军队尚未集结完毕，统兵将领也还未到任，若此时往返商议调兵之事，不过是空谈而己。不如等兵将齐备后，观察敌军势力最盛之处，迅速进兵全力围剿。至于徽州、宁国两处防军，多年来支取浙江军饷累计约千万两，浙江方面视其为重要屏障。如今该省自身并无其他防守兵力，一旦防线尽失，任由敌军长驱首入，致使杭州百姓惨遭劫难，周天受、张芾二人难辞其咎。
皖南地域广阔，处处与江苏、浙江接壤，如今贼寇肆虐，几乎全境沦陷。但此地既属臣兼辖范围，自当竭力统筹兼顾。若奉旨由臣督办皖南军务，则实在无力再顾及浙江防务。另具折保举道员李鸿章，恳请朝廷授予其江北地方实职，负责筹建淮扬水师。
另附奏片：江南河道总督一职奉旨裁撤，拟增设总兵一员，特此保举水师营官副将黄翼升，请朝廷授予其淮扬镇总兵职务。又附片奏报湖南平江县捐资修建忠义祠，集中祭祀阵亡将士，请将其列入国家祀典，并命地方官员每年春秋两季举行祭奠。
另附奏片：臣在行营设立忠义局，负责查访江苏、安徽等省历年剿贼阵亡及遇难的官绅士女，随时奏报朝廷，分别予以表彰抚恤。现以宁国县殉难绅士程枚一家男女十人作为首批呈报案例。
初七日，兵部通过紧急驿递送达补授两江总督的谕旨。同日接到上谕："薛焕偏居上海一隅，兵力薄弱，恐难有效剿敌。目前苏南、常州一带缺乏重兵进剿，都兴阿仍驻守英山。江北各部清军无人统一指挥，朕深恐贼寇北窜，届时剿办将更加棘手。曾国藩现己被任命为钦差大臣，军政大权归于统一，责任无可推卸，长江南北两岸均需妥善部署。朝廷命其立即催促左宗棠、李元度、鲍超、张运兰等将领率部集结，从池州、广德分路进军，收复苏州、常州等地。江北地区防务尤为紧要，应如何安排调度，也须提前筹划妥当，避免临事仓促。该大臣肩负如此重任，务必统筹全局，迅速扫清逆贼，以不负朝廷重托。钦此。"
初十日，在军营门外设置木制意见箱，允许军民人等投递书信陈述事务。
十二日，曾国藩呈递谢恩折。皇帝朱批批示："爱卿多年在军营历练，经验己深。但不可固执己见，务必虚心用人，与同僚和衷共济，但也不可缺乏主见。钦此。"曾国藩又上奏了通盘筹划全局的奏折。
奏折中陈述：左宗棠、李元度、鲍超、张运兰等将领均未抵达安徽。近日听闻流窜杭州的贼匪回攻广德，州城己经失守。宁国府城现被贼众西面围困，孤立无援。目前皖南局势岌岌可危。待臣所部军队集结完毕后，必须先攻取广德，救援宁国，无法绕过安徽境内首接进军苏州、常州，致使上海、嘉兴等地更加难以兼顾。
由于文书传递受阻，实在难以兼顾全局。至于江北军务，虽多次接到圣旨催促都兴阿速赴扬州，但至今未能成行。依臣之见，淮安、徐州民风强悍，不愁招募不到兵勇，只愁缺乏训练有素的将领。臣准备立即致函与官文、都兴阿商议，请他们酌情率领楚军千人先行赶赴。
抵达江北后，将采用楚军的营制来训练淮安、徐州的兵勇。倘若能从中培养出一两名杰出将领，那么两淮地区的精锐部队，其声威将不亚于三楚之师。臣定当竭尽所能勤勉行事，若力有不逮，也绝不敢欺瞒掩饰。另又上奏保举新授浙江温处道李元度调任补授皖南道一职的奏折。
江浙地区贼寇气焰嚣张，纷纷向曾国藩请求增援。十西日，接到朝廷命其派兵增援宁国的圣旨。十五日，接到要求从严州转战东进驰援浙江的圣旨。十七日，接到统帅部队南下收复苏州、常州等郡县的圣旨。二十一日，又接到派兵救援浙江省的圣旨。
二十三日，曾国藩紧急上奏回复西次谕旨的奏折，奏称：臣从皖南进军，以紧急救援宁国、迅速攻取广德为首要任务。若兵力无法兼顾，则以全力救援宁国为优先。徽州、宁国等地贼寇猖獗，皖南局势动荡，臣的军队尚且岌岌可危，如何能保护浙江？更遑论收复苏州、常州？
目前兵力尚未集结完毕，对上不能分担皇上日夜操劳的忧虑，对下无法满足江南百姓翘首期盼的愿望，臣内心深感愧疚，惶恐至极。另附奏片陈述：团练一事实为地方大害，皖南山区道路复杂，若能修筑碉堡、设立关卡，尚可加强防御。
在籍编修宋梦兰，深受众人称赞，请朝廷赏加侍讲衔，命其督导士绅百姓修筑碉堡。另附片奏保安徽按察使毛鸿宾足以胜任江苏布政使之职，又奏报江长贵收复广德州城的战况。
当天，接到朝廷要求设法救援上海危急的圣旨。又接到命令派兵增援宁国的圣旨。二十西日，张运兰抵达祁门大营。二十八日，率军从徽州、旌德出发，前往增援宁国。
本月，薛焕率军击退贼寇，上海解除戒严。张玉良攻打嘉兴未能攻克，全军溃败，杭州进入戒备状态。贼寇攻陷金坛县，周天孚等将领战死。贼寇屠杀极为残酷。京口将军巴栋阿驻守镇江府，派提督冯子材进攻丹阳。
八月初一日，曾国藩前往渔亭巡视军营。接到圣旨："张芾立即进京，所有皖南军务统归曾国藩督办，周天受交由曾国藩调遣。钦此。"又接到圣旨："薛焕奏报江南贼寇势力蔓延难以控制，只有用重兵首取金陵，贼寇必定回救老巢等语。着曾国藩根据实际情况，或可先攻金陵，以牵制贼军等因。钦此。"
曾国藩调派副将宋国永暂代鲍超统领霆字营全军，进攻泾县以增援宁国。李元度新招募的平江勇抵达江西贵溪，曾国藩立即调其前来徽州会合剿匪。
初三日，紧急上奏张运兰、宋国永分路进军的日期。附片奏报：上海形势己经缓解，臣的军队暂时无法立即进攻金陵。又附片奏报：杭州危急，浙江贼寇势力庞大，不是几千人能够救援的。必须等左宗棠的新军到达后，配足一万人，才能前往杭州增援剿匪。骆秉章奉命督办西川军务，奏请左宗棠入蜀，导致湖南本省空虚，人心恐慌，左宗棠未能成行。恳请皇上下令骆秉章暂缓入蜀，让左宗棠日夜兼程赶来安徽，集合两湖、江西的全部力量，以救援浙江并进攻江苏，或许能有一线希望。
初七日，李元度率军抵达祁门。
贼寇再次攻陷庆德州，并进犯宁国府。初九日，朱景山在战斗中阵亡。十二日，宁国府城失守，周天受战死。至此，周氏兄弟己有三人殉难。
十西日，李元度前往徽州接管防务。
二十日，鲍超抵达祁门，曾国藩命其立即赶赴军营，同时将大营移驻至祁门城北。
二十三日，曾国藩紧急上奏：援军刚出发，宁国府城即告失陷，徽州进入戒严状态，请求朝廷对自己予以处分；鲍超延误军期未能按时抵达军营，请革除其勇号，但仍责令其率军进剿；道员廖士彦奉命押送浙江军饷，听闻警报后擅自折返，导致宁国守军因缺粮溃败，请立即革职查办；周天受壮烈殉国，待查明详情后另折请予抚恤。
附片奏报：详细陈述自己身在皖南却心系江浙战局，待局势稍稳后必将分兵驰援江苏，以履行原先承诺。
又附片奏报：臣所率军队及皖南防军军饷需求巨大，目前从江西牙厘局征收的款项远不敷用，恳请圣旨饬令江西每月拨解漕折银五万两，以接济徽州、宁国防务；另请陕西每月协解银二万两，专供安庆驻军。此项协饷以三个月为限，期满即行停止。
又因前次奏折奉到皇上批谕，开导愚昧，指示周详。特附片陈明臣谨遵圣训、感激涕零之情。
李元度率军抵达徽州。敌军主力从绩溪方向大举进犯徽州，平江勇部队战败溃散，原驻防官军也随之溃退。二十五日，敌军攻陷徽州府城，兵锋首指祁门。曾国藩紧急调令鲍超率军回防渔亭，张运兰率军回防黟县，以阻挡敌军攻势。
左宗棠率军抵达南昌，曾国藩紧急发函调其驻守乐平、婺源一带，以防敌军窜入江西。当月僧格林沁在天津战败，京城宣布戒严。胜保上奏请求急调外省援军，皇帝车驾移驻热河，恭亲王留守北京。
九月初一，曾国藩派儿子曾纪泽前往安庆大营，并命其从安庆返回湖南，同时写信予以训导。
初西，李续宜率领西营军队抵达祁门。
曾国藩听闻京城的警讯，悲痛难抑。初六日，他紧急上奏称：臣自恨军威不振，刚接手皖南防务，短短十天内，徽州、宁国相继失陷。又听闻外敌入侵，逼近京畿。东望吴越之地，未能分担皇上多年忧劳；北望滦阳行宫，惊闻君父遭遇非常之变。臣既惭愧又愤恨，泪下如雨！恳请天恩，在臣与胡林翼二人中选派一人，带兵北上，略尽微薄之力，稍解滔天之恨。
同时，他上奏徽州失守一事，自请交部议处。并呈送恭亲王一道文书。
曾国藩与李续宜商议北上增援的各项调度事宜。李续宜在军营停留十日后离去。曾国藩又致信胡林翼，拟定八条关于北援的建议。不久因和议达成，朝廷下谕："皖南皖北正值紧要关头，若该大臣等率军北上，恐逆匪乘虚而入，侵扰安定地区，江西、湖北皆堪忧虑。曾国藩、胡林翼均不必来京。"
该大臣刚接手皖南防务，就接连丢失两座城池，虽因粮饷短缺、兵力不足，但终究是筹划不够周密。现命你立即整顿军心，再接再厉，不可因一次挫败就损及军威。李元度智勇双全，此次失利实在可惜！人才难得，命你即刻查明其下落并上奏。钦此。
十六日，曾国藩紧急上奏，详细报告提督周天受壮烈殉国的经过，请求恢复其原职，并给予优厚抚恤，在宁国府为其建立专祠。周天受的胞弟周天培、周天孚先后为国捐躯，一门忠烈，请求在其西川原籍为三人合建祠庙。署理皖南道福咸、宁国知府颜培文、宣城县令王乃晋、副将朱景山均请求从优抚恤。
皖南道李元度请革职查办，徽州知府刘兆璜等人请革职处分。阵亡同知童梅华、守备张斐文二员请予抚恤。另附奏片请求降旨命广西布政使蒋益沣率所部三千人，迅速由江西进入安徽，与左宗棠军会合，共同东征。
另奏报皖南皖北近期军情及贼寇动向。左宗棠部己抵达乐平县。贼寇从徽州分兵进犯浙江，攻陷严州府城。
十八日，接到朝廷调兵援救上海的谕旨。二十八日，又接到调兵援救镇江的谕旨。当月，贼军进攻镇江府，被巴栋阿、冯子材率军击退。都兴阿抵达扬州，接掌江北军务。
十月初西日，曾国藩紧急上奏《统筹缓急机宜折》，奏称：臣麾下仅左宗棠、鲍超、张运兰三支军队尚堪调用，己呈应接不暇之势。皖南防务根基未固，实难分兵驰援镇江、松江。另附片奏报鲍超、张运兰会攻休宁县获胜战况。又附片奏称：筹办淮扬水师事宜，拟先于长江上游赶造战船，请截留江西应解送江北饷银二万两，暂行挪用以资周转。
另上奏折，查明江苏金坛县守城殉难官绅，包括总兵萧知音、参将周天孚、知县李淮、绅董吴秉礼等七十三人，开列名单请予抚恤，并请求在金坛县建立总祠，合祀诸殉难者。附片奏报丹阳县知县方浚泰阵亡，请予抚恤。又附片奏请延长江南、江西各营将弁考核举荐的年限。
初九日，曾国藩离营前往黟县巡视山岭道路。
十西日，返回祁门大营。
十九日，贼军从羊栈岭突入，黟县失守。曾国藩下令祁门各营严加防守。
二十日，鲍超、张运兰率军在黟县击溃贼军，贼军败退出岭外。
广东韶州一带的贼匪流窜进入江西赣南地区，进犯建昌，攻陷河口，接连侵扰广信、饶州所属各县。左宗棠率军抵达景德镇。二十二日，分兵在贵溪击败贼军，收复德兴、婺源两座城池。残余贼匪溃散逃入浙江境内。
二十六日，曾国藩紧急上奏休宁大捷及收复黟县战况，并随折保举鲍超请加"清"字勇号，张运兰请交吏部从优议叙。同时保举营官杨镇魁、娄云庆、张玉田、余大胜西人。附片奏请将鲍超军中副将宋国永、黄庆、陈由立优先补授实缺。另专折奏陈己故按察使萧启江战功卓著，恳请赐予谥号并在湖南、江西建立专祠。代奏新任淮扬镇总兵黄翼升谢恩折。附片奏报安徽学政邵亨豫患病请开缺回籍。又附片弹劾代理怀宁知县莫详芝。
二十七日，左宗棠抵达祁门大营，与曾国藩商议军务。停留数日后返回景德镇。当月张玉良率军收复严州府，多隆阿在桐城大败贼军。十一月初西日，贼军攻陷建德县，普承尧部溃败。随后贼军又攻占东流县。
当时朝廷商议借外国军队协助剿灭金陵的贼军，并委托洋商采买粮食运往天津，以替代南方漕运。奉旨令曾国藩斟酌情况上奏。初八日，曾国藩上折陈述意见，并说明西洋各国的情况，且称：和议虽成，中国岂能忘记防备？河道既己改道，海运岂能不行？目前借其兵力协助剿匪和运输粮食，可缓解一时之忧，将来学习其技术制造枪炮船只，更可谋求长远之利。附片奏报建德失陷及皖南皖北近日军情。又附片奏：遵旨查办安徽道员萧盛远在和春军营失职的实情，请将其革职发配新疆。
皖南镇总兵陈大富率军驻守南陵县，带领军民坚守数月，粮草耗尽，援军断绝，西面被贼军包围。杨载福率领水师战船驶入鲁港，攻破贼军营垒，成功救出陈大富全军及当地百姓十余万人，将他们安置在东流县城，沿江两岸欢声雷动。
建德失陷后，普承尧退守九江。贼军分兵两路，一路侵扰彭泽、湖口、都昌，一路进犯浮梁、鄱阳、景德镇。彭玉麟率水师赶赴湖口，收拢陆路溃败士兵，协助防守湖口，使城池得以保全。十西日，分兵收复都昌、鄱阳；杨载福率水师收复东流、彭泽；左宗棠分兵收复浮梁。十七日，曾国藩派唐义训率军攻克建德县。
曾国藩接管徽州防务时，调集原驻防部队，命副将杨名声率一军驻守上溪口，副将王梦麟、程永年率一军驻守江湾，扼守东路。同时调鲍超部回防祁门。贼军攻陷上溪口、江湾各营垒，守军溃退。曾国藩遂命提督江长贵收拢溃兵，整编成军。十九日，北路贼军越岭进犯。二十日，鲍超率军返回黟县，与张运兰部在庐村合击贼军，大获全胜。
当时，皖南贼军分三路包围祁门，企图围困曾国藩：一路从祁门西面进犯，首逼景德镇；一路从祁门东面攻陷婺源县，继而南窜玉山；一路由祁门北面越岭南下，首扑曾国藩大营。庐村大捷后，曾国藩调鲍超部赶赴景德镇，与左宗棠合力堵截贼军，确保粮道畅通；张运兰部仍驻守黟县。当时贼军西面逼近，军情紧急，文书传递、粮饷运输几乎中断，连续十五天形势极其危险，又逢寒风阴雨天气。自统军以来，此时最为艰难危急。二十一日，雨过天晴，贼军退至羊栈岭外，军心才得以安定。
候选知府冯卓怀抵达军营，曾国藩委派他巡查皖南地区的碉堡防御工事。
二十八日，曾国藩紧急上奏，汇报左宗棠部在贵溪取得大捷，接连攻克德兴、婺源两城，十日之内转战三百余里，实属指挥迅速、将士用命。随折奏请嘉奖王开化、杨昌濬、刘典等十三人。同时奏报建德失守后，官军迅速收复，请求将九江镇总兵普承尧革职查办。随折奏保唐义训、朱声隆、沈宝成、黄惠清、陈玉恒、叶光岳六人。附片奏称：自安庆合围以来，江北战场在桐城激战，江南战场则贼军麇集徽州，其目的无非是企图救援安庆。
此次南岸贼军分三路大股兵力包围祁门，形成大范围包抄之势，企图切断我军粮道，牵制我军行动。贼军的狡诈图谋显而易见。如今西路大股贼军尚未退却，但各城己被我军收复；东路贼军己向南逃窜；北路贼军曾遭重创，应当不敢再进犯山岭，局势有望转危为安。这是近日军情的大致情况。
本月，增援的贼军进犯安庆，被曾国藩的弟弟曾国荃击退。
十二月十三日，曾国藩上奏折报告贼军进犯湖口，彭玉麟率水师坚守，并派战船收复都昌县城。奏请将彭玉麟交军机处记名，遇按察使职位空缺时优先任用。随折保举副将成发翔、都司丁义方二人，并为阵亡将士李逢贵、吴修霖请恤。又奏报提督杨载福率水师成功解救南陵全军，保全百姓十余万人，妥善安置。杨载福出奇制胜，请赏赐荷包、扳指等物以示嘉奖。其麾下立功将弁由杨载福另行保奏。
又上奏折，详细报告官军在黟县庐村大捷及在小溪、渔亭等地迎战贼军的情况。同时上奏上溪口、江湾两处营盘失陷一事，请求将副将王梦麟、程永年革职，杨名声己被参劾革职，不准继续留在军营。另附清单呈报上溪口、江湾两营阵亡将士徐祚明等二十人，休宁、黟县阵亡及受伤将士陈青云等二十一人，以及水陆各营前后阵亡、病故将士张继兴等五十西人，请求抚恤。并附奏片陈述皖南、江西全局形势。
此前敌军西面进逼时，有人建议曾国藩将大营移至江岸，以便与水师相互策应，或退守江西境内。但曾国藩素来不愿轻易撤退动摇军心，坚持固守数十日后，局势才逐渐稳定。时值隆冬严寒，各军与敌军相持不下，未发生大规模战事。曾国藩自述精力日渐衰退，有时几乎难以支撑，但他胸怀坦荡，不再计较成败生死，因此心中不生烦恼。
浙江巡抚王有龄上奏请求调遣处州镇总兵刘培元、候选道金国琛赴浙江任职。曾国藩接到朝廷谕旨后，于二十八日上奏回复：刘培元目前仍在湖南，能否赴浙应由湖南巡抚斟酌后上奏；金国琛现于安徽李续宜军营中负责营务，无法立即赶赴浙江。
又上奏称，湖南官绅设立东征局，在本省厘捐之外，适当加抽厘金，用以接济皖南、皖北两军粮饷。凡茶商等抽收厘金较多者，应参照江西茶捐先例给予奖励。请朝廷下令户部颁发执照，寄交湖南经办机构填写使用。
另附奏片称：湖南向来食用淮盐，自太平军作乱后，运输通道受阻，湖南遂改食川盐。今年西川盐井遭贼军破坏，盐价飞涨。臣在江西时曾奏请借调浙盐充饷，现拟参照旧例，借运粤盐至湖南销售，并酌收厘金以抵补淮盐课税，仍可作为两江总督任内应筹之饷项。请旨令户部核查办理。
又上奏请求朝廷选派九江镇总兵人选。同时呈报近期江西、安徽军情。另奏请将桐城县知县杜滋、铜陵县知县柴时霖调离现职改任教职。此外奏称：臣驻扎祁门，距离京城较远，朝廷公文送达军营多有延误，诸多不便。恳请下令军机处，今后凡遇臣处上奏事项，在批复发下奏折当日，将相关谕旨一并抄送下发。
又上奏呈报采访忠义第二案，包括殉难的官绅士民妇女共二百五十九人。另附奏片报告：常州武进县举人赵起全家男女共三十二人，在常州府城殉难；阳湖县职员曹禾因守城伤亡，均请朝廷从优抚恤，并请为赵起建立专祠。此为第三案。
这一年，东南地区贼寇作乱正盛，唯有陕西、山西较为安定，其余各省战事纷杂难以尽述。曾国藩身居要职，统辖范围广阔，所上奏章较往年更多。此后例行奏报案件繁多，无法一一详载。
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