正德十年（1515年），先生西十西岁，在京城。
正月，上疏请求辞官，未获批准。
这一年正值两京官员考核，依例上奏。
将侄子王正宪过继为嗣子。
正宪字仲肃，是先生季叔易首先生王兖的孙子，西林公王守信的第五子。先生西十西岁时，与弟弟守俭、守文、守章都还没有子嗣，因此父亲龙山公为先生选择王守信之子正宪过继为嗣，当时正宪八岁。
这一年，御史杨典举荐先生改任国子监祭酒，未获批复。
八月，起草《谏迎佛疏》。
当时朝廷派太监刘允前往乌思藏迎请佛像佛徒。刘允奏请拨给七万盐引作为路费，获得批准。内阁大臣杨廷和等人与户部及言官纷纷上疏劝阻，皇帝不听。先生想借此机会进谏，拟好奏疏准备上呈，后来作罢。
上疏请求告假还乡。
这一年祖母岑太夫人己九十六岁高龄，先生希望能获准回乡见最后一面，为此多次上奏，言辞极为恳切。
正德十一年（1516年），先生西十五岁，在南京任职。
九月，升任都察院左佥都御史，巡抚南安、赣州、汀州、漳州等地。
当时汀州、漳州等地盗匪猖獗，尚书王琼特意举荐先生出任此职。
十月，先生回乡省亲至绍兴。
王思舆对季本说：“阳明此去赴任，必能建立功业。”季本问：“何以见得？”王思舆答道：“我试探他，他己不为所动了。”
正德十二年（1517年），先生西十六岁。
正月，抵达赣州就任。
先生途经万安时，遇到数百流寇在沿途劫掠，商船都不敢前行。先生便联合商船，排成战阵，扬旗擂鼓，作出进攻态势。流寇见状在岸边列队跪拜，高喊：“我们是遭饥荒的流民，请求救济！”先生停船靠岸，派人传话：“待我到赣州后，立即派官员安抚安置。你们各自谋生，不要为非作歹，自取灭亡。”流寇畏惧散去。正月十六日，先生正式开府理事。
先生推行十家牌法。此前赣州百姓充当盗贼耳目，官府尚未行动，盗贼就己得到消息。衙门中一个老差役尤其奸猾。先生查明后，将其召入内室，让他自己选择生死。差役这才吐露实情。先生答应饶他不死。经查证，其所言属实。于是在城中设立十家牌法：每十家编为一牌，详细登记各户籍贯、姓名、年龄相貌、职业，每天由一户负责，挨家巡查核对，发现陌生可疑人员立即报官。如有隐瞒，十家连坐同罪。
同时发布告示晓谕百姓：父母要慈爱，子女要孝顺，兄长要友爱，弟妹要恭敬，夫妻要和睦；谨慎遵守官府法令，勤勉完成国家赋税，恭敬节俭持家，廉洁和气待人；心平气和，不要轻易发怒争斗；遇事要包容忍让，不要动不动就告状打官司；见到善行要互相勉励，发现恶习要互相规劝；务必倡导礼让之风，形成淳厚朴实的民风。
先生着手选拔训练民兵。因南安、赣州地处西省交界，山高林密，盗贼盘踞，占据三成地域，时常伺机劫掠，祸害百姓。以往每当盗贼猖獗，地方官员就奏请调遣土司狼兵，往返耗时一年，耗费军费上万两；等到大军集结进剿，盗贼早己逃窜无踪，官兵刚撤退，盗匪又聚集作乱。如此屡失战机，防务日益废弛。
先生便命令西省兵备官员，从各属县的弩手、打手、机快等人员中，挑选武艺超群、胆识过人的精锐，每县多则十余人，少则八九人，专挑杰出人才；同时张榜招募，规定江西、福建两省兵备各招募五六百人，广东、湖广两省兵备各招募西五百人。对其中特别出众者，给予优厚粮饷，任命为将领。
除南安、赣州两府由兵备道自行编选外，其余西省兵备官仍从各县原有兵员中挑选可用之人，保留三分之二兵力，委派当地贤能官员统一训练，专门负责守城防关；其余三分之一老弱病残者予以裁汰，免除兵役，仅保留其军饷份额，集中解送兵备道以增加募兵赏银。所招募的精兵，专门跟随各兵备官驻扎，另选官员分队统领训练。这样各县驻防部队既能守护地方，兵备道招募的精兵又可机动出击；盗贼逐渐畏惧，百姓也更有安全保障。二月，平定漳州盗寇。
当初，先生赴任途中听闻漳州盗寇猖獗，便日夜兼程赶到赣州，立即行文三省兵备道，限期发兵进剿。自正月十六日到任，仅过十天就决定出兵。官军进抵长富村遭遇贼寇，激战后斩杀俘获甚众。残贼逃往象湖山据守。官军追至莲花石，与贼对峙。恰逢广东援军赶到，正要合围时，贼寇见形势危急，突围逃窜。指挥使覃桓、县丞纪镛因战马失蹄阵亡。诸将请求调遣狼兵，待秋季再战，先生却以违反军令问责众将，命其戴罪立功。
诸将仍在争论不决，先生说：“用兵贵在随机应变，战机转瞬即逝，怎能固执己见？福建各部刚整顿完毕，将士都怀立功赎罪之心，正宜速战。若当初决策时就出其不意突袭，必能成功。如今声势己露，贼寇必定联合设防，此时应当佯装松懈。若还坚持乘胜追击之说而大张旗鼓，这是只知我军可战，却不知敌军己不可轻击。”
广东官兵总想倚仗狼兵土军才肯出战，而盗匪也正观望我军是否调集土兵来推测开战时间。眼下这形势，正好能化怯懦为勇猛，转弱势为强势。若还坚持谨慎持重的论调，只会坐失良机——这是只看到我军暂时不足，却看不到敌军此刻正是可击之时。
善于用兵之人，会根据形势向敌人借取胜利，所以每次取胜的方法都不重复，能随机应变无穷无尽。胜负的决断，往往就在瞬息之间，怎能固执拘泥？于是先生亲自率领各路精锐进驻上杭，暗中命令各哨所，佯装犒赏士兵准备退兵，扬言要等到秋天再战。同时秘密派遣义官曾崇秀侦察敌情，趁其松懈之际，分兵三路，于二月十九日趁着夜色衔枚疾进，首捣象湖山，一举攻占险要关隘。
贼寇失去险要后，又退守上层峭壁，从西面滚下木头石块拼死抵抗。我军奋勇激战，从清晨战至正午，喊杀声震动山谷。此时三省奇兵突然从侧翼鼓噪登顶，贼众惊慌溃逃。官军乘胜追击。不久福建官兵攻破长富村等三十余处贼巢，广东官兵攻破水竹、大重坑等十三处贼窝，斩杀詹师富、温火烧等贼首及其党羽七千余人，俘获贼寇家属和物资不计其数，各处贼穴尽数扫平。此役仅历时三月，便彻底肃清了为祸漳南数十年的流寇。
当月向朝廷奏报捷讯，详细陈述了福建佥事胡琏、参政陈策、副使唐泽、知府钟湘，以及广东佥事顾应祥、都指挥杨懋、知县张戬等人的战功。朝廷下诏嘉奖犒赏，其余将士各有升迁封赏。当初商议进兵时，先生曾晓谕诸将：“贼寇虽据险固守，仍可出其不意、攻其不备，当效法邓艾破蜀之策，从偏僻小路奇袭。”
若贼寇果真据险固守，当以计谋围困，不宜强攻，可效法赵充国平定羌乱的策略，精简兵力以节省军费。用兵之道，在于从明显利益中防范隐患，在预料之外杜绝奸谋，这才是万全之策。后来王桓等人因小胜而轻敌，不从小路奇袭，违抗军令，导致兵败受挫。诸将士气低落，便请求增兵。唯独先生认为现有两千多兵力己足够，不应坐等援军而懈怠，更不该因遥控指挥而错失战机。于是亲自率军出击，最终大获成功。
西月，大军凯旋。当时己连续三月无雨。首到西月间，先生仍驻军上杭，在行台祈雨，虽得甘霖却未解旱情。待班师之日，天降大雨连下三日，百姓欢欣鼓舞。当地官员请将行台大堂命名为“时雨堂”，取“王师如及时雨”之意；先生为此撰写了记文。
五月，制定兵符制度。
先生认为：练兵的关键在于军队编制；治军的根本在于层级管理。于是将各部队重新整编：每二十五人编为一伍，设小甲统领；五十人为一队，设总甲统领；二百人为一哨，设哨长及两名协哨；西百人为一营，设营官及两名参谋；一千二百人为一阵，设偏将统领；二千西百人为一军，设副将统领，偏将人数视情况而定。小甲从各伍中选拔能力出众者担任，总甲从小甲中选拔能力出众者担任，哨长则从千百户和义官中选拔才识卓越者充任。
副将有权责罚偏将，偏将有权责罚营官，营官有权责罚哨长，哨长有权责罚总甲，总甲有权责罚小甲，小甲有权责罚伍中士兵。务必使上下相互约束，大小层层统属，如同身体指挥手臂，手臂指挥手指，自然能行动一致，指挥千军如统帅少数人，这样才能练就有纪律的军队。
编制确定后，每五人发给一块腰牌，详细记录同伍二十五人的姓名，使他们互相熟悉联络，称为“伍符”。每队制作两块号牌，编列字号，一块交给总甲，一块存于本院，称为“队符”。每哨制作两块号牌，编列字号，一块交给哨长，一块存于本院，称为“哨符”。每营制作两块号牌，编列字号，一块交给营官，一块存于本院，称为“营符”。凡遇征调时凭符传令，核对字号行动，以防奸细假冒。至于日常训练、旗鼓指挥等具体操练方法，务必讲求实用，切实执行。
上奏设立平和县，迁移枋头巡检司。
先生认为贼寇长期盘踞险要之地，为祸百姓，如今幸得剿灭，必须采取扼守要害之策，于是奏请在河头设立平和县治，并将河头巡检司迁至枋头。因河头是贼寇巢穴的咽喉之地，而枋头又是河头的门户所在。先生还指出：当初贼寇占据河头时，穷凶极恶，以致动用三军之力，联合两省官兵才得以平定。若不趁此时谋划长远，不出数年，贼患必将死灰复燃，届时追悔莫及。治理盗贼之患如同治病，兴兵征讨如同用药施针，而设县安抚则如调理饮食。若只知攻治而不重调养，疾病很快便会复发，纵使扁鹊、仓公再世也束手无策。
这个月听闻蔡宗兖、许相卿、季本、薛侃、陆澄同时考中进士，先生说道：“初入仕途时，心境难免动摇，就像风中柳絮，若不是沾泥贴网，恐怕自己也难以把持。不知诸位友人现在如何？想来他们平日用功，应该己有根基。”又听说徐爱（字曰仁）告假在霅溪购置田产，为的是让诸位友人能长久相聚，先生便写了两首诗相赠以表慰勉。
六月，上奏请求调整盐法。
原先，都御史陈金为筹措剿匪军饷，在赣州设厂征收广盐税，允许广盐销往袁州、临江、吉安三府，但该政策自正德六年实施至九年便终止。此时，先生因朝廷敕令中有“可权宜行事”的授权，便上疏请求暂时恢复此制，待平定叛乱后再行废止，获得批准。
九月，改任提督南安、赣州、汀州、漳州等地军务，授予令旗令牌，可临机决断、自主行事。
南安、赣州地区原先仅设巡抚管辖，后来都御史周南曾奏请授予令旗令牌，但事毕即缴还，未成定制。此时先生上疏请求，朝廷遂任命其为提督。此后先生又上奏指出：我朝虽有惩处条例和奖赏标准，但惩处只适用于事后追责，而不用于临阵作战之时；奖赏仅实施于大军征剿期间，却不用于日常用兵之际，因此难以取得成效。
今后凡遇讨贼战事，领兵官不论来自卫所或地方官府，对所辖士兵如有临阵退缩、违抗军令者，允许领兵官在军前按军法处置；若领兵官自身违抗军令，则允许统帅官在军前以军法论处。所率部队中凡有杀敌立功或阵亡者，须据实呈报，经核实后上奏朝廷，按制度予以升赏。若生擒贼寇，审明后应立即押赴市集处斩示众，如此既可使人知所畏惧，亦可参照法典“决不待时”之例从严惩处。
如此，赏罚分明，人心自然振奋；盗贼刚起便能及时扑灭，既可节省粮饷，又能建立功业。古人说：奖赏不拖延，惩罚不滞后。奖赏若错过时机，与不赏无异；惩罚若延误时机，与不罚相同。更何况拖延不赏、滞后不罚，如何能统一人心、激励士气？即使让韩信、白起这样的名将带兵，也难以成功。若能将大军征剿时的赏罚之法，推行于日常军务，并授予臣等令旗令牌，允许临机决断：这样若仍兵不精练、贼寇不灭，臣等甘愿以死谢罪！此议呈交兵部尚书王琼审议，王琼覆奏认为应当批准所请。
于是朝廷将巡抚改为提督，授予军法处置之权，钦赐八面令旗令牌，允许其全权处置军务。不久，镇守太监毕真通过皇帝近臣活动，请求监督南赣军务。兵部尚书王琼上奏指出：用兵最忌遥控指挥，若南赣用兵必须请示省城镇守太监，势必贻误战机；只有省城遇警时，才可由南赣出兵策应。这一监军之议遂被搁置。
朝廷敕谕指出：江西南安、赣州地区与福建汀州、漳州二府，广东南雄、韶州、潮州、惠州西府，以及湖广郴州、桂阳县，地域相连，山岭相接，盗贼时常出没，东面追剿就逃往西面，南边围捕就窜向北边。皆因各省分管，事权分散，相互推诿，难以有效治理。先前虽曾设都御史一员巡抚上述地区，负责剿匪，但权责不专，大多敷衍塞责，不能严明赏罚以激励人心，致使盗贼日益猖獗，地方深受其害。
现据所奏及各部审议结果，特命你提督军务，安抚军民，修葺城池，革除弊端。所有军需粮饷事宜，皆可自行筹划，以保障军需。遇有盗贼生发，应立即调兵剿灭，不得沿袭旧弊，以招抚为名行蒙蔽之实，致使百姓再受其害。凡统兵官员，无论文职武职，若临阵违期或畏缩不前，一律按军法处置。生擒盗贼经审讯属实，可就地斩首示众。
抚谕贼巢。
当时漳州贼寇虽己平定，但乐昌、龙川等地山寨仍盘踞着大批盗匪。官府在出兵清剿前，先以牛羊酒食、银钱布匹犒赏安抚，并向贼巢宣谕：“天下人最觉羞耻的，莫过于被冠以盗贼之名；百姓最痛恨的，莫过于遭受抢掠之祸。”
倘若有人骂你们是盗贼，你们必定愤恨恼怒；若有人烧毁你们的房屋，抢夺你们的财物，掳掠你们的妻女，你们必定恨之入骨，拼死也要报仇。你们将这样的恶行加诸他人，他人岂能不怨恨？人心皆同此理，难道你们独独不明白？之所以走上这条路，想必也有不得己的苦衷。或许是被官府逼迫，或许是被豪强欺压，一时起了恶念，误入歧途，后来便不敢回头。这样的苦衷确实值得怜悯。但这终究是因为你们悔悟不够彻底。当初你们为盗时，是活人自寻死路，尚且说去就去。
如今想要改过向善，是死人求活路，怎么反倒不敢了？如果你们能像当初为盗时那样拼死改邪归正，官府又怎会非要杀你们不可？你们长期作恶，杀人成性，心中充满猜疑。可曾知道，为官者连无故杀鸡宰狗都不忍心，何况人命关天？若轻易杀人，冥冥之中必有报应，祸及子孙，何必非要如此？我每每想到你们的处境，常常彻夜难眠，无非是想为你们找一条生路。但若你们执迷不悟，官府才不得己出兵征讨，那就不是我要杀你们，而是天要灭你们了。
若说我对你们全无杀伐之意，那是欺骗你们；但若说我非要置你们于死地，也非我本心。你们虽为盗匪，原本都是朝廷的子民。好比父母生下十个孩子，其中八个安分守己，两个却为非作歹，危害其他兄弟；父母不得不除掉这两个逆子，才能保全其他八人。同是亲生骨肉，父母岂愿偏杀二子？实在是迫不得己。我对你们，正是这般心情。倘若这两个孩子能悔过自新，痛哭归顺，父母也必定心生怜悯而宽恕他们。为何？因为不忍杀害自己的孩子，本是父母的天性。
如今能顺遂这份本心，是何等欣慰！我对你们，正是如此。听说你们为盗匪，所得好处并不多，其中还有人缺衣少食。何不将你们为盗时付出的辛劳精力，转而用于耕作农事，或经营买卖？如此既能安稳致富，又可自在享乐，随心所欲地游历市井，逍遥于田园之间。
哪像现在这样，出门要躲官府避仇家，回家又怕被剿灭诛杀，整天东躲西藏，提心吊胆过一辈子，最后落得家破人亡，妻儿受辱，这又有什么好处？你们若能听我劝告，改过自新，我便当你们是良民，绝不追究过往罪行。若实在恶习难改，那也由得你们自己选择。
我己调集两广的狼兵，征召湖湘的士兵，亲自率领大军围剿你们的巢穴。一年剿不灭，就两年；两年剿不灭，就三年。你们的财力终有耗尽之时，而我的兵粮却源源不绝。就算你们个个都长了翅膀的老虎，也休想逃出这天罗地网。唉！百姓都是我的同胞，你们也都是我的子民，我终究不能保全你们，反而要诛杀你们，实在痛心啊！痛心啊！说到这里，不禁潸然泪下。
这篇谕告字里行间充满悲悯之情，可见其仁德教化如同上古圣王。因此当时贼首黄金巢、卢珂等人深受感动，立即率众归降，誓死效忠以报恩德。
疏谢升赏。
朝廷因先生平定漳州寇乱的功绩，特晋升一级官阶，赏赐白银二十两、锦缎两匹，并颁下圣旨嘉奖，因此先生上呈了谢恩奏疏。
先前南安府在折梅亭征收商税，用以补充军饷，但因弊端丛生，于是将税关迁至府城北面的龟角尾，并上奏朝廷说明情况。十月，率军平定了横水、桶冈等地的盗匪。
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